Артем Касьянов: "Как собрать геном из миллиарда кусочков? Компьютеры и современная биология."
HTML-код
- Опубликовано: 11 окт 2024
- Лекция Артема Сергеевича Касьянова прочитана в Популярном лектории "Архэ" (arhe.msk.ru) 24 января 2015 года.
Лектор - Касьянов Артем Сергеевич, научный сотрудник Лаборатории системной биологии и вычислительной генетики ИОГен РАН, кандидат физико-математических наук.
Информация о строении живых организмов записана в геноме - совокупности молекул ДНК, содержащихся во всех клетках живого организма. До недавнего времени прочтение генома было очень сложной и дорогостоящей задачей. Проект «Геном человека» длился более 10 лет и потребовал свыше 1 млрд. долларов. Современные технологии позволили сократить сроки (теперь не больше года) и стоимость подобных проектов. Значительную роль в столь стремительном развитии технологий секвенирования сыграли информационные технологии. Без наличия специальных алгоритмов реконструкция геномных последовательностей была бы невозможна.
Из лекции вы узнаете:
- как работает установка чтения ДНК (секвенатор);
- как реконструируется последовательность генома;
- как Леонард Эйлер помог современной биологии;
- почему суперкомпьютеры, спроектированные для физических расчетов, не подходят для современной биологии;
- что делать с последовательностью генома после реконструкции.
"Архэ" в ВК: kpc_arhe
"Архэ" на ФБ: / arhecenter
"Архэ" в Instagram: www.instagram....
Отличная лекция! Хотя я думал в ней будет подробно показано как все токи "собрать ген из миллиардов кусочков". Ведь как известно выделить ДНК к примеру с дрозжей можно в дома имея уксус, средство для чистки труб и спирт. По крайней мере я так в молодости выделял, а ну да еще желательно холодильник и центрифугу. Но видео увы не оправдало моих ожиданий ((( Как собрать в дома геном так и не сказали, я уже молчу о том что не сказали как внедрить в клетку, впрочем для этого уже нужен микроскоп и микропипетка. Зато рассказали как это все сложно, напустили пафоса и псевдонаучности....
А вообще сама идея лекции весьма актуальна. Я удивляюсь почему лекции про звезды и дыры Попова или квантовые струны хрен знает кого которые нам абсолютно не к чему, а порой и бессмыслен на столько популярны, в то время как лекции про практические моменты биоинженерии которые могли бы спасти мир и по меньшей мере подарить бессмертия не кому не интересны. 9 лайков и 500 просмотров за год. Это показатель глубокой не побоюсь этого слова быдлинизации населения. Впрочем даже про космос я загнул основная масса вовсе смотрит откровенную чушь от которой 0 пользы. Это мясо либо мнит себя бессмертными либо уже готовится к земле... вот сущность современных обезьян которые думают что они цивилизованы. Но не буду о грустном вернусь к лекции.
18:00 - 1000 за сколько по времени? Вообще тема интересная но рассказано очень сумбурно. Например возникает вопрос от куда изначально возникли стандартные комплиментарные участки ДНК (праймеры 7:17 ) к которым потом присоединяется исследуемая ДНК. Как узнается что в центре (какая последовательность) ? Т.е. грубо говоря у меня есть кусок ДНК, я хочу узнать последовательность. Как мне это сделать? Методом тыка подбирать все варианты праймеров? А если я знаю какой праймер подходит, так мне тогда и не нужно секвинирование т.к. я знаю какая последовательность. Круг замкнулся. Таким образом можно узнать только уже известные последовательности. Или лектор что то недоговаривает. Данным методом можно только подтвердить наличие того или иного участка в материале и все! Для определение совершенно новых не известных участков он не годится. Расскажите лучше подробно как в дома можно определить и изменить последовательность не известной ДНК. Вот это было бы интересно. А эту фигню в любой лаборатории делают.
Я вообще не понимаю весь сырбор с этими свистоперделками. Праймерами... математическими расчетами. Почему нельзя просто взять клетку к примеру в анафазе если именно надо узнать что за последовательность и наочно это непосредственно наблюдать в электроном микроскопе? Как известно электронным микроскоп вполне себе видит молекулы, а тем более думаю не составит труда отличить нуклеотиды. Но, мы не ищем легких решений и альтернатив. Тупой мир обезьян занимается естественно обезьянством передирая друг у друга одно и то же... Так это я как диллетан про электронный микроскоп на вскидку написал, а если подумать... еще с 10 методов за пару недель можно было бы предложить. Возникает вопрос что делает армия протиральщиков штанов в университетах ??? Хотя я знаю что они там делают, и сам был в аспирантуре и бросил её т.к. нет у нас науки, есть только коррупция и прихлебательство. Так что не удивительно что наука в полной заднице со всеми праймерами и сиквинированиями...
19:00 - сравнение не корректное. Транзисторы делают, а ДНК просто читают. Так что можно было бы читать еще быстрее и в этом нет не чего удивительного.
21:14 - аналогично можно исправлять поврежденные последовательности у динозавров 1:05:40 . Даже если они короткие. Все равно вы максимум 1000 можете прочесть. Брать разные клетки одного и того же организма и сравнивать. Как известно там геном в клетках одного и того же организма одинаков, возможно не все клетки повреждены именно в одном и том же месте, и это как раз таки даст шанс по тому же принципу как с Пушкиным (по методу голосования) собрать правильный участок. Ну и конечно же в общем можно сравнивать весь геном с вараном и т.д. Так что дело не в том что это не возможно в принципе, технический это возможно просто сильно дорого да и читают геном как я понял уже на много быстрее, но все равно для того что бы прочесть тысячи клеток и сравнить и секвинировать варана - медленно. Ну а мамонтов и моа, думаю бес проблем можно было бы, я про это еще лет 5 назад писал. Пора уже людям воскрешать а не только убивать виды. Это принципиально важно для науки, т.к. пора уже давно утереть нос разным старовером, консерваторам, и верующим. А так увы, у науки не чего практический нет. Болтают только а не одного вида толком не создали... Стыдно товарищи... стыдно (((. Конечно из за этого и на ГМО и на все остальное будут гонения...
1:01:40 - не ну патентовать гены это нагло... Это все равно что продавать землю на Глизе 581 g . Вообще это дурацкое купи-продай это бич нашего общества помешенных на деньгах спекулянтов и клиптоманов. Как они не понимают что информация должна быть доступна всем если мы хотим что бы мир стал лучше. Помню в свое время ученые отказались от патентов антибиотиков сделав их достоянием общества, а сейчас... одно бабло ни какой науки, да что там науки ни какой совести...
По поводу вопросов к лектору. Опять не устану повторять почему то в подобных видео очень часто забывают давать микрофон тем, кто задают вопросы. А жаль. Именно в данном видео вопросы очень хорошие, грамотные. Вот например 1:14:20 человек говорит рабочую гипотезу старения ликвидировав которую можно достичь вечной молодости и не черта не слышно ((( 3и раза слушал
1:03:40 та ладно у нас денег полно!!! Но они не там где надо. Деньги идут на покупку футбольных команд миллиардерами и на то, что бы они с жиру бесились. Вот где наши и ваши деньги. И мы в этом виноваты, т.к. даем этим ожиревшим и отупевшим скотам тратить не деньги, а человеческие ресурсы в никуда... Именно из за этого мы топчемся на месте и до сих пор остаемся смертными и кстати эти ожиревшие дебилы любители хутбола тоже.
1:04:20 - да. Мне кажется вообще надо обязать беременных делать нотариальную диагностику подобных болезней. А то у нас как деньги на это так не допросится, а как потом даунов всю жизнь государству содержать так это пожалуйста. Вот скажите не ужели предотвратить даунов и подобные расстройства дороже чем потом человек будет всю жизнь мучиться других обременять и на него будут всю жизнь деньги тратить. Вот Мир у нас...
Так можно сделать тест на д*** синдром во время беременности, я это делала. Просто люди не хотят делать аборт , Я так понимаю они хотят даунов
слайды содержат больше информации, чем хаотичная жестикуляция лектора. если во время лекции 95% времени смотреть на лектора - ничего не усвоишь
звук жопный
Чувак, ты живёшь при капитализме - здесь везде нужны деньги и всегда инфляция! Эт вам не "кровавый совок"😁😁😁