Les habitats comme déterminants de la diversité virale chez 7 espèces de rongeurs -Sourakhata Tirera

Lors de cette réunion KaruBioNet du mardi 04 avril 2023, Sourakhata Tirera (Institut Pasteur de la Guyane) a réalisé la présentation suivante : "Les habitats comme déterminants de la diversité virale chez sept espèces de rongeurs néotropicaux"
Auteurs : Sourakhata Tirera, Damien Donato, Christiane Bouchier, Vincent Lacoste, Benoit de Thoisy, Alain Franc, and Anne Lavergne.
Résumé :
Les rongeurs hébergent de nombreux virus, dont certains ont un impact important sur la santé publique. Les perturbations des écosystèmes et la diminution de la richesse des espèces hôtes qui en découle ont été associées à l'émergence de maladies zoonotiques. Dans cette étude, nous avons cherché à (a) caractériser la diversité virale chez sept espèces de rongeurs néotropicaux vivant dans quatre types d'habitats et (b) explorer comment l'étendue des perturbations environnementales influence cette diversité. Grâce à une approche métagénomique, nous avons identifié 77 767 séquences virales attribuées à 27 familles virales connues à partir d'échantillons de rate, de rein et de sérum. La diversité virale était plus élevée dans les forêts primaires et les savanes comparés aux forêts perturbés, et encore plus faible dans les zones périurbaines. Les différences dans ces diversités ont été expliquées par des virus rares qui étaient généralement plus fréquents dans les forêts primaires et les savanes. De plus, les changements dans l'écologie et le comportement des rongeurs hôtes, dans un habitat donné, tels que les modifications du régime alimentaire dans les forêts perturbées par rapport aux forêts primaires, sont des déterminants majeurs de la composition virale. Enfin, les relations phylogénétiques de deux genres d'arbovirus (Alphavirus - Togaviridae, et Phlébovirus - Phenuiviridae) provenant de P. cuvieri dans des habitats perturbés ont mis en évidence un risque potentiel de transmission à l'homme. Tous ces résultats fournissent des informations importantes sur la diversité des virus hébergés par les rongeurs en Amazonie et soulignent que les habitats et l'écologie alimentaire de l'hôte peuvent être à influer sur la diversité virale. L'établissement d'un lien entre la richesse et l'abondance des virus, d'une part, et l'écologie de leurs hôtes et leurs réponses aux perturbations de l'habitat, d'autre part, pourrait constituer le point de départ d'une meilleure compréhension de l'émergence virale et d'une gestion future des écosystèmes.
Ce travail a été publié dans le journal Viruses (doi.org/10.339...)