안녕하세요 대학원생인 것님! 저는 경남 소재 고등학교에 다니고 있는 한 학생입니다. 최근 pcr에 관심이 생겨서 여러 영상을 찾아보던 중, 몇 달 전에 올리신 ’primer design'영상을 보고 공부를 했었는데요, 몇 가지 궁금증이 생겨서 가장 최근 동영상에 댓글을 남기게 되었습니다. (제일 확인이 용이하실 것 같아서요! ㅎㅎ ) 1) 제가 몇 달 전에 lambda, human genome dna를 pcr하고, 그 dna를 전기영동하는 실험을 학교에서 했었는데, 아무래도 너무 많은 시간을 소요하긴 학생 입장에서 부담이다보니 키트를 사용해서 했었습니다! (제 기억상 바이오세상 키트였던 것 같아요). 그런데 프라이머 디자인을 공부하다보니, 키트로 실험을 했을때와 달리 아예 처음부터 시작하는 경우의 전체적 흐름이 잘 그려지지 않아서요..! 제가 생각했을 때의 순서는 ‘(1) 연구 대상의 dna 채취 -> (2) 그 대상의 염기서열 알아내기 -> (3) primer 디자인하기 -> (4) pcr 하기 -> (5) 전기영동으로 결과 확인하기’ 인 것 같은데 -(1)에서 (2)로 넘어가는 과정은 프로그램이나 특정 기구를 사용해서 염기서열들을 쫘라락 알아내는건가요? -(3) primer을 디자인하고 난 이후에는 그 primer을 어떻게 만드나요? (실험에 사용하기 위해서 내 손안에 획득하는 방법..?이라고 해야할까요? ) -(4)번 과정에서는 키트로 실험할 때 처럼 작은 tube 안에 template DNA, primer, dNTP등의 부품들을 다 넣어주고, 그 tube를 pcr기구에 넣어주면, 그 기구는 온도 조절만 해주는 건가요? 제가 인터넷에 검색해보았는데 dNTP가 작은 튜브 안에 액체? 처럼 담겨 있던데 그 안에 수많은 염기 부품들이 다 들어있고 그것들을 사용하는건가요? 질문이 너무 많죠 ㅜㅜ 학교 선생님들께도 여쭤봤는데 확답을 못듣기도 했고, 학교가 공사중이라 과학실을 사용할 수 없어 답답하네요.. 단순히 의학도가 되고 싶은 고등학생의 질문이니 너무 오랜 시간을 들여서 대답 안해주셔도 돼요,,! 혹시나 하는 마음에 말씀드립니다 늘 영상 잘 보고 있습니당 특히 계대배양이나 ELISA, dna chip은 본격적인 실험 전에 몇 십번씩 돌려본 것 같아요 ㅋㅋㅋ ㅜㅜ 늘 감사드리고 영상 제작하시느라 수고 많으십니다 ㅜㅜ 감사해요!
@@예진-z3i 안녕하세요 예진님! 차근차근 답변 드리겠습니다! 우선 (1)에서 (2)로 넘어가는 과정에 대해서 대답 드리자면, 염기서열을 알아내는 과정을 'sequencing [시퀀싱]'이라고 합니다. 말씀하신 것처럼 직접 DNA를 채취해서 시퀀싱을 돌려볼 수도 있지만, 이미 대부분 생물의 유전자는 전세계 누군가가 시퀀싱을 이미 돌렸을 가능성이 높습니다. 그 시퀀싱 결과들은 NCBI에 모두 업로드 되어있고 누구나 접근, 열람이 가능합니다. 그래서 염기서열 시퀀싱은 1) 회사에 외주 문의, 2) 직접 장비와 시약을 가지고 시퀀싱, 3) 인터넷에서 염기서열 검색, 이 3가지 방법으로 알아낼 수 있죠. 보통 장비와 시약을 유지하는데 어마어마한 돈이 들기 때문에 1), 3)의 방법을 주로 이용합니다. ☺️
@@예진-z3i 참고로 시퀀싱 방법은 Sanger sequencing 또는 next generation sequencing (NGS)을 검색해보시면 원리와 과정을 잘 보실 수 있으실 거에요 ㅎㅎ 그리고 primer를 만드는 방법 또한 보통은 코스모진텍, 바이오니어 같은 회사들에 외주를 맡기는 것이 일반적입니다. 시약과 장비를 직접 운용하는 것보다 돈과 시간을 훨씬 절약할 수 있거든요 ㅎㅎ 보통 20 mer 프라이머 1개 기준 1만원, 영업일 기준 3일 내 배송 정도 합니다. 직접 시험관으로 만들 수 있지만, 그 방법과 원리를 알고 싶으시다면 'primer synthesization'을 검색해보시면 됩니다.
@@예진-z3i 기구는 온도 조절만 해주는 건가요?에 대한 답변입니다. 너무 정확하게 맞추셨어요. PCR machine의 또다른 명칭이 바로 thermocycler입니다. 한마디로 온도를 조절하는 기능 밖에 없어요. PCR을 돌릴 때 필요한 시약들은 1) pure water, 2) dNTPs, 3) buffer, 4) Taq DNA polymerase이며, 적절한 비율로 섞어 premix로 만들고, 여기에 forward primer, reverse primer set와 DNA sample을 넣어주게 되죠. 이 모든 재료들이 200 uL PCR 튜브 속에 섞인 상태에서 특정 온도가 가해지게 되면, 그 온도에 맞게 여러 현상들이 일어나며 PCR이 진행됩니다. PCR 과정은 아래와 같습니다. 1. Denaturation (95°C): DNA 이중나선이 변성되어 단일가닥으로 분리됩니다. 지퍼를 연것과 같은 모습이 됩니다. 2. Annealing (55~65°C): Primer가 자신과 상보적인 DNA 부분에 특이적으로 달라붙는 과정입니다. 3. Extension (72°C): Primer가 달라붙은 곳에 DNA polymerase가 가서 달라붙고, dNTP 조각들을 조립하면서 DNA 단일가닥을 다시 이중나선으로 만듭니다. Extension이 끝나면 DNA의 숫자는 2배로 증가(증폭)되어 있습니다. 위 1~3번 과정이 20~40번 정도 반복되면 PCR 장비가 작동을 멈추고, 튜브를 꺼내서 아가로스 젤 전기영동을 실시하면 됩니다. :) 키트가 아니라 메뉴얼적인 방법으로 하려면, 모든 시약을 따로 주문해야하는 번거로움이 있지만, 개인 입맛에 맞는 시약들을 조합해서 고오급 커스터마이징할 수 있다는 장점이 있습니다. 저도 프라이머만 주문해서 사용하고, 나머지 시약들은 제 입맛에 맞게 제조해서 사용하고 있습니다.
@@ThisIsGraduateStudent 헉 너무너무 감사합니다 !!! 주변에 물어볼 사람도 없고 해서 막막했는데 정말 다행이에요 ㅜㅜ 덕분에 제 스스로 만족스러울 정도로 이해가 잘 된 것 같아요 ㅎㅎ 특히 아직 고등학생인 저에게도 정성을 들여서 답변해주신 점 정말 감동입니다 ㅜ 저도 대학원생인 것 님(?) 처럼 열심히 공부해보겠습니다!!
늘 귀한 강의 감사드립니다!!
늘 귀한 댓글도 너무 감사드립니다 🥰
siRNA 디자인 방법도 알고싶습니다..!😭
si...RNA.... 디자인... 방...법도.... 방송...한다....메모...!
쌈뽕하게 말아보겠습니다!! 😎
@@ThisIsGraduateStudent 흑ㅠㅠ 감사합니다!!
@@daheekim1551 뚝! ☺️
안녕하세요 대학원생인 것님! 저는 경남 소재 고등학교에 다니고 있는 한 학생입니다. 최근 pcr에 관심이 생겨서 여러 영상을 찾아보던 중, 몇 달 전에 올리신 ’primer design'영상을 보고 공부를 했었는데요, 몇 가지 궁금증이 생겨서 가장 최근 동영상에 댓글을 남기게 되었습니다. (제일 확인이 용이하실 것 같아서요! ㅎㅎ )
1) 제가 몇 달 전에 lambda, human genome dna를 pcr하고, 그 dna를 전기영동하는 실험을 학교에서 했었는데, 아무래도 너무 많은 시간을 소요하긴 학생 입장에서 부담이다보니 키트를 사용해서 했었습니다! (제 기억상 바이오세상 키트였던 것 같아요). 그런데 프라이머 디자인을 공부하다보니, 키트로 실험을 했을때와 달리 아예 처음부터 시작하는 경우의 전체적 흐름이 잘 그려지지 않아서요..!
제가 생각했을 때의 순서는 ‘(1) 연구 대상의 dna 채취 -> (2) 그 대상의 염기서열 알아내기 -> (3) primer 디자인하기 -> (4) pcr 하기 -> (5) 전기영동으로 결과 확인하기’ 인 것 같은데 -(1)에서 (2)로 넘어가는 과정은 프로그램이나 특정 기구를 사용해서 염기서열들을 쫘라락 알아내는건가요?
-(3) primer을 디자인하고 난 이후에는 그 primer을 어떻게 만드나요? (실험에 사용하기 위해서 내 손안에 획득하는 방법..?이라고 해야할까요? )
-(4)번 과정에서는 키트로 실험할 때 처럼 작은 tube 안에 template DNA, primer, dNTP등의 부품들을 다 넣어주고, 그 tube를 pcr기구에 넣어주면, 그 기구는 온도 조절만 해주는 건가요? 제가 인터넷에 검색해보았는데 dNTP가 작은 튜브 안에 액체? 처럼 담겨 있던데 그 안에 수많은 염기 부품들이 다 들어있고 그것들을 사용하는건가요?
질문이 너무 많죠 ㅜㅜ 학교 선생님들께도 여쭤봤는데 확답을 못듣기도 했고, 학교가 공사중이라 과학실을 사용할 수 없어 답답하네요..
단순히 의학도가 되고 싶은 고등학생의 질문이니 너무 오랜 시간을 들여서 대답 안해주셔도 돼요,,! 혹시나 하는 마음에 말씀드립니다
늘 영상 잘 보고 있습니당 특히 계대배양이나 ELISA, dna chip은 본격적인 실험 전에 몇 십번씩 돌려본 것 같아요 ㅋㅋㅋ ㅜㅜ
늘 감사드리고 영상 제작하시느라 수고 많으십니다 ㅜㅜ 감사해요!
@@예진-z3i 안녕하세요 예진님! 차근차근 답변 드리겠습니다!
우선 (1)에서 (2)로 넘어가는 과정에 대해서 대답 드리자면, 염기서열을 알아내는 과정을 'sequencing [시퀀싱]'이라고 합니다.
말씀하신 것처럼 직접 DNA를 채취해서 시퀀싱을 돌려볼 수도 있지만, 이미 대부분 생물의 유전자는 전세계 누군가가 시퀀싱을 이미 돌렸을 가능성이 높습니다. 그 시퀀싱 결과들은 NCBI에 모두 업로드 되어있고 누구나 접근, 열람이 가능합니다.
그래서 염기서열 시퀀싱은 1) 회사에 외주 문의, 2) 직접 장비와 시약을 가지고 시퀀싱, 3) 인터넷에서 염기서열 검색, 이 3가지 방법으로 알아낼 수 있죠. 보통 장비와 시약을 유지하는데 어마어마한 돈이 들기 때문에 1), 3)의 방법을 주로 이용합니다. ☺️
@@예진-z3i 참고로 시퀀싱 방법은 Sanger sequencing 또는 next generation sequencing (NGS)을 검색해보시면 원리와 과정을 잘 보실 수 있으실 거에요 ㅎㅎ
그리고 primer를 만드는 방법 또한 보통은 코스모진텍, 바이오니어 같은 회사들에 외주를 맡기는 것이 일반적입니다. 시약과 장비를 직접 운용하는 것보다 돈과 시간을 훨씬 절약할 수 있거든요 ㅎㅎ 보통 20 mer 프라이머 1개 기준 1만원, 영업일 기준 3일 내 배송 정도 합니다.
직접 시험관으로 만들 수 있지만, 그 방법과 원리를 알고 싶으시다면 'primer synthesization'을 검색해보시면 됩니다.
@@예진-z3i 기구는 온도 조절만 해주는 건가요?에 대한 답변입니다.
너무 정확하게 맞추셨어요. PCR machine의 또다른 명칭이 바로 thermocycler입니다. 한마디로 온도를 조절하는 기능 밖에 없어요.
PCR을 돌릴 때 필요한 시약들은 1) pure water, 2) dNTPs, 3) buffer, 4) Taq DNA polymerase이며, 적절한 비율로 섞어 premix로 만들고, 여기에 forward primer, reverse primer set와 DNA sample을 넣어주게 되죠.
이 모든 재료들이 200 uL PCR 튜브 속에 섞인 상태에서 특정 온도가 가해지게 되면, 그 온도에 맞게 여러 현상들이 일어나며 PCR이 진행됩니다.
PCR 과정은 아래와 같습니다.
1. Denaturation (95°C): DNA 이중나선이 변성되어 단일가닥으로 분리됩니다. 지퍼를 연것과 같은 모습이 됩니다.
2. Annealing (55~65°C): Primer가 자신과 상보적인 DNA 부분에 특이적으로 달라붙는 과정입니다.
3. Extension (72°C): Primer가 달라붙은 곳에 DNA polymerase가 가서 달라붙고, dNTP 조각들을 조립하면서 DNA 단일가닥을 다시 이중나선으로 만듭니다. Extension이 끝나면 DNA의 숫자는 2배로 증가(증폭)되어 있습니다.
위 1~3번 과정이 20~40번 정도 반복되면 PCR 장비가 작동을 멈추고, 튜브를 꺼내서 아가로스 젤 전기영동을 실시하면 됩니다. :)
키트가 아니라 메뉴얼적인 방법으로 하려면, 모든 시약을 따로 주문해야하는 번거로움이 있지만, 개인 입맛에 맞는 시약들을 조합해서 고오급 커스터마이징할 수 있다는 장점이 있습니다. 저도 프라이머만 주문해서 사용하고, 나머지 시약들은 제 입맛에 맞게 제조해서 사용하고 있습니다.
@@예진-z3i 질문의 수준이 여타 고등학생분들과 다를 정도로 이해도가 높고 꼼꼼하세요. 😮 대답을 드리면서도 깜짝 놀랐습니다. 혹시 궁금한게 생기시면 언제든 연락 주세요. 😉
이메일: redberry1245@naver.com
카카오톡: redberry1245
@@ThisIsGraduateStudent 헉 너무너무 감사합니다 !!! 주변에 물어볼 사람도 없고 해서 막막했는데 정말 다행이에요 ㅜㅜ 덕분에 제 스스로 만족스러울 정도로 이해가 잘 된 것 같아요 ㅎㅎ 특히 아직 고등학생인 저에게도 정성을 들여서 답변해주신 점 정말 감동입니다 ㅜ 저도 대학원생인 것 님(?) 처럼 열심히 공부해보겠습니다!!