Hola!, disculpa la tardanza, se me había olvidado contestar esta. Yo estoy casi seguro que si, pero no recuerdo el dato específico...dejame ver si lo encuentro y lo pongo en alguno de los videos.
@@sistematrix493 ¡Hola! Gracias por volver. Si sabes cómo hacerlo y puedes publicarlo, te lo agradecería mucho. Lo he intentado, pero no consigo. Estoy tratando de entender la evolución de algunos caracteres y necesito analizar tanto ACCTRAN como DELTRAN.
Hi Fabrício, thanks for posting. I will say yes, because those probabilities are necessary for estimating the states probabilities. I think those are in the upper panel, above the proportional likelihood for each state. Please take a look, and if don´t just drop me another message Cheers!
Hola!, muchas gracias por el comentario! Este ejercicio fue en Mesquite, pero hay técnicas más avanzadas en BayesTraits y R. Este semestre creo que pondré nuevos videos, sugerencias y comentarios son bienvenidos. Gracias de nuevo!
Hi there If you have a sample of trees lets say from a bayesian analysis, you may want to try this method Pagel, M., Meade, A., & Barker, D. (2004). Bayesian estimation of ancestral character states on phylogenies. Systematic biology, 53(5), 673-684.
Hola Juan. Gracias por la pregunta. Este ejercicio en Mesquite lo hago con los alumnos de segundo semestre, solo de forma demostrativa, para que aprendan la diferencia entre hacerlo con parsimonia o algún método paramétrico. Pero para hacerlo ya de forma más seria yo recomiendo una aproximación bayesiana, como la implementada en BayeTraits. No tengo un video de eso ahorita, pero voy a dar un curso en ese tema en un par de meses, si crees que te resulta de interés.
Hola de nuevo. Si buscas inferir el árbol usando ML y/o parsimonia, Mesquite puede funcionar como una "intefase" para RAxML (para hacer ML) o para TNT (para usar parsimonia), usando el paquete Zephyr, pero creo que no es tan difícil hacerlo por fuera. Tengo otro video para hacer parsimonia (incluye bootstrap) y tal vez tenga algo por ahí para hacer ML tal vez es más fácil usando los programas directamente, además tienes más opciones. Saludos!
Muchas gracias, si tiene un video para ML, excelente verlo. De igual estuve consultado su video en TNT, también muy pero muy útil, muchas gracias por su aporte.
![VENEZUELA vs. ARGENTINA [1-1] | RESUMEN | ELIMINATORIAS SUDAMERICANAS | FECHA 9](http://i.ytimg.com/vi/SJfoPdeOPCQ/mqdefault.jpg)
Hola Ricardo! ¿Sabes si la optimización de ACCTRAN y DELTRAN es posible en Mesquite?
Hola!, disculpa la tardanza, se me había olvidado contestar esta. Yo estoy casi seguro que si, pero no recuerdo el dato específico...dejame ver si lo encuentro y lo pongo en alguno de los videos.
@@sistematrix493 ¡Hola! Gracias por volver. Si sabes cómo hacerlo y puedes publicarlo, te lo agradecería mucho. Lo he intentado, pero no consigo. Estoy tratando de entender la evolución de algunos caracteres y necesito analizar tanto ACCTRAN como DELTRAN.
Hi, Ricardo. Is there a forme to get the probability of change for the characters states? How can I see these probability?
Hi Fabrício, thanks for posting. I will say yes, because those probabilities are necessary for estimating the states probabilities. I think those are in the upper panel, above the proportional likelihood for each state. Please take a look, and if don´t just drop me another message Cheers!
@@sistematrix493, thanks. I´ll let you know if I get it. Cheers
Hola, buen video
Que programa estas utilizado para analizar los caracteres
Muchas gracias
Hola!, muchas gracias por el comentario! Este ejercicio fue en Mesquite, pero hay técnicas más avanzadas en BayesTraits y R. Este semestre creo que pondré nuevos videos, sugerencias y comentarios son bienvenidos. Gracias de nuevo!
Muchas gracias por su respuesta.
You said that its not recommended to use consensus tree. How can we reconstruct ancestral states for multiple trees?
Hi there If you have a sample of trees lets say from a bayesian analysis, you may want to try this method Pagel, M., Meade, A., & Barker, D. (2004). Bayesian estimation of ancestral character states on phylogenies. Systematic biology, 53(5), 673-684.
Hola Ricardo, quería saber de donde se obtiene el soporte estadistico de ese análisis. No es necesario hacer x replicas de boostrap?
Hola Juan. Gracias por la pregunta. Este ejercicio en Mesquite lo hago con los alumnos de segundo semestre, solo de forma demostrativa, para que aprendan la diferencia entre hacerlo con parsimonia o algún método paramétrico. Pero para hacerlo ya de forma más seria yo recomiendo una aproximación bayesiana, como la implementada en BayeTraits. No tengo un video de eso ahorita, pero voy a dar un curso en ese tema en un par de meses, si crees que te resulta de interés.
Una pregunta, es posible hacer ML y Parsimonia en Mesquite. Muchas gracias
Hola de nuevo. Si buscas inferir el árbol usando ML y/o parsimonia, Mesquite puede funcionar como una "intefase" para RAxML (para hacer ML) o para TNT (para usar parsimonia), usando el paquete Zephyr, pero creo que no es tan difícil hacerlo por fuera. Tengo otro video para hacer parsimonia (incluye bootstrap) y tal vez tenga algo por ahí para hacer ML tal vez es más fácil usando los programas directamente, además tienes más opciones. Saludos!
Muchas gracias, si tiene un video para ML, excelente verlo. De igual estuve consultado su video en TNT, también muy pero muy útil, muchas gracias por su aporte.