Михаил Гельфанд - Типичные задачи биоинформатики

Ближайшая конференция - PiterPy 2025, 16-17 мая, Санкт-Петербург + online.
Подробности и билеты: jrg.su/QZ6wK1
- -
Скачать презентацию с сайта PiterPy - jrg.su/hQsbAH
С развитием экспериментальных методов молекулярная биология стала наукой, богатой данными. Большинство этих методов основаны на определении последовательностей нуклеотидов в фрагментах ДНК, а содержательная сторона определяется тем, как выделяются эти фрагменты. В результате можно изучать различия в геномах (в том числе геномах отдельных клеток); то, как работают гены; какие белки связываются с ДНК и где; как ДНК упакована в ядре и многое другое.
Для анализа этих данных биоинформатики пишут много скриптов, в том числе на Python. Спикер не рассказывал про скрипты, но рассказал про типичные задачи и про то, как их решают - с биологической точки зрения. Необходимые для понимания биологические сведения сообщены тут же.
#bioinformatics #python

[@ukrainetoday960]

35:27 нейронные сетки пишут на Питоне - на либах pyTorch и TensorFlow

[@major807]

Лайк Михаилу Сергеевичу

[@mikhailmyshkin4615]

Работаю в биоинформатике и пользуюсь смесью R+Python, причем Python основной. На питоне гораздо удобнее писать всякие склейки, пайплайны, чуть более вычислительно сложные скрипты. А R идеален для графиков, верчения таблиц и статистики. Берём лучшее из них обоих, ну и конечно же весь код - в Jupyter notebook

[@dmitriyskvortsov9650]

Тоже работаю в области , за всю жизнь изучил не менее двух десятков языков, и не один из них не производил такого глубокого чувства отторжения как питон, на мой взгляд язык питон был создан совершенно напрасно, он ни чем не выделяется из языков созданных за десятилетия до него. На мой вкус на этом языке одинаково неудобно делать практически все

[@ukrainetoday960]

Пишите на ассемблере, в чем проблема-то?

[@AsanEmirsaleh]

Всё-таки некоторыми особенностями выделяется. Но если Вам не нравится питон - пишите на Julia. Похоже на питон, но лучше продумано. У Heng Li в коде minimap2 вообще часть инструментов (например, paftools) написаны на javascript. Системные биологи любят Java, решения для обработки данных высокопроизводительного секвенирования часто пишут на плюсах. То, что фундаментальное программирование лучше изучать не с питона - это, наверное, оправданное мнение, но применительно к тому случаю, когда вы хотите получить на выходе программиста. А если нужен преимущественно скриптинг, то питон или bash вполне подойдут.

[@NefritDark]

Я думал я один так считаю

[@Tosha.V]

Ошибка на слайдах 08:38 не Депозиторий а Репозиторий, хотя биологам простительно)

[@pupsique]

Депозитарий правильно.

[@Tosha.V]

​​@@pupsique то же думал про депозитарий, но не та буква в конце смутила)

[@AsanEmirsaleh]

Депозитарий живых объектов - вполне устоявшийся термин. Репозитарий/репозиторий кода - тоже старый хорошо известный термин. Насчёт "а"/"о" в этом слове - вопрос нуждается в изучении. Подозреваю, что слова однокоренные, и в оригинале пишутся одинаково.