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이주용 교수의 연구실
Южная Корея
Добавлен 20 окт 2010
서울대 제약학과 이주용 교수의
계산 화학, 계산 생물학, 생물리화학, 인공지능 관련된 강의 및 영상입니다.
Laboratory of Computational Biology and Chemistry (LCBC)
Professor Juyong Lee of College of Pharmacy at Seoul National University
Contact: nicole23@snu.ac.kr
#computational #chemistry #biology #ai
계산 화학, 계산 생물학, 생물리화학, 인공지능 관련된 강의 및 영상입니다.
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구글 colab과 알파폴드(ColabFold)를 이용한 단백질 구조 모델링 실습 1 (ColabFold practice1)
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구글 colab와 알파폴드(ColabFold)를 이용한 단백질 구조 모델링 실습 2 (ColabFold practice2)
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인공지능과화학 19 - Graph neural network을 더 많은 atom feature를 이용한 HOMO-LUMO gap 예측 (2021. 11. 22) Pytorch-Geometric, Pytorch 를 이용한 실습. colab.research.google.com/drive/1teX77VJ4HlrY_JP9oJdHW2rGbE4yc2fz?usp=sharing
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5:59 구면좌표계 라플라스 2번 미분 수식이 맞는지 궁금합니다. 너무 생략해서 이해가 안됩니다.
교수님 이건 alphafold1이 아닌 alphafold2를 이용한 것인가요?
교수님 안녕하세요 저는 약학에 관심이 있는 고등학생입니다! 단백질 구조에 관련된 보고서를 쓰면서 교수님의 강의를 통해 도움을 정말 많이 받아 감사하다는 말씀 드리고 싶습니다. 혹시 보고서에 교수님의 도움을 받았다고 언급해도 괜찮을까요?
네~ 괜찮습니다.
교수님, output 파일을 chimera에서 열면 chimera가 다운되는데,, 해결책이 있을까요? (*Viewdock 이후에 먹통이 됩니다...)
R제곱이 아닌 R세제곱(부피 )를 곱해야되는게 아닐까요? (제생각에는) 아니면, 그림(동심 구름운)은 삼차원의 중심을 지나는 단면이 아닌 삼차원을 이차원 그림에 녹인 즉, 3차원 정보를 이차원에 표현한것인가요? 궁금하네요, 교수님
감사합니다
감사합니다
감사합니다
교수님 혹시 구조를 모르는 단백질 서열이랑 UniProt아이디 하나 추천해주실 수 있을까요? 찾기가 어려워서요
안녕하세요 교수님... 이 구조 (A0A009EUU2)가 자료에서 삭제되어서..... 혹시 ㅠㅠ 다른 구조는 없는지 궁금합니다ㅠㅠㅠ
www.ebi.ac.uk/interpro/protein/UniProt/D4AHW5/ alphafold.ebi.ac.uk/entry/A0A009EUU2 위 링크에서 찾으실 수 있습니다~
@@drfaust23 감ㅅㅏ합니다! 정말 감사합니다!
교수님 혹시 그 링크에서 다른 구조를 어떻게 찾나요? ㅠㅠ
n이 정수라는 것은 어떤한 이유 때문에 그렇게 둔 것인가요? n이 주양자수와 비례하는 건가요?
오늘도 감사합니닥!
정말 좋은 지식 얻어갑니다 감사합니다
교수님 좋은 강의 감사드립니다. 잘 보고 갑니다.
GNN 프로젝트로 여기까지 왔습니다.. 양질의 자료로 감사히 열심히 공부하겠습니다!
학부 4학년 또는 대학원 1년차를 위한 강의입니다
고등학생인데 도움많이 됐습니다. 이거 말고 알파폴드 영상도 잘봤습니다 교수님!!
대학원생을 위한 수업인가요?
202310208김예준 수강했습니다
고등학생인데 이런 강의를 볼 수 있다는 게 정말 감사합니다!
도움이 되었다니 다행입니다~
큰 도움 되었습니다. 교수님 감사드립니다.
안녕하세요. 교수님. 좋은 강의 감사합니다! 8:45 이 부분에서 p의 계수에 대해서 말씀해주셨는데 어떤 식의 계산을 통해서 0.37, 0.60의 계수가 나온 것인가요?
너무 유익한 자료 감사합니다.
안녕하세요 교수님, 단백질 유사성 기반의 구조 예측이 실제 연구 과정에서 어떻게 사용되며 알파폴드를 이용한 구조 예측과 어떤 점이 다른지 궁금합니다.
구조 예측은 data 의 fitting 을 위한 모델을 아주 쉽게 만들어주기에 의미가 있습니다. 알파폴드도 마찬가지고요.
감사합니다 교수님. 많은 도움 되었습니다.
아보가드로와 가우시안 프로그램을 이용하는것이 가장 많이 사용되는 프로그램인가요?
바이오디자이너라고 오래전에 만들어진 소프트웨어가 있지만 지금은 작동이 안됩니다... 원래 바이오디자이너로 만든 분자들은 실제 반응 모션도 나오고 했는데 지금 못구한다니 많이 아쉽습니다.
교수님, 왼쪽의 수업 material도 공개되어있나요?
4 완
3 완
2 완
1 완
안녕하세요 교수님. 타 약대 학생인데, 물리화학 복습하는데 도움이 많이되었습니다 :) 좋은 강의 감사합니다!
안녕하세요 교수님 저는 고등학교 재학중인 학생입니다. 다름이 아니라 교수님 영상중 아보가드로 프로그램 사용법 중 질문드릴게 있어서 댓글 남깁니다. 혹시 질문 받아주실 수 있으신가요?
간단한 것이라면 시간이 되는대로 해드리도록 하겠습니다. 제가 평소에는 수업과 연구 때문에 바빠서 바로 답을 못 해드릴 수도 있는 점 양해바랍니다.
좋은강의가 너무많네요 .... 정말감사합니다
좋은 강의 감사합니다! 파이토치 기초 2 강이의 class 4 colab 링크가 없는데, 혹시 추가해주실 수 있으신가요?
안녕하세요 교수님 좋은영상 감사합니다. 혹시 질문이 하나 있는데 DNA+protein liand의 경우 Force Field 를 amber 나 charmm 중 뭐로 설정을 해주는게 좋을까요?
특별히 어떤 force field가 더 좋다고 하기 힘든 점이 있습니다. 둘 중 하나를 선택해서 우선 simulation을 수행하고 정 궁금하다면 나머지 ff로도 해보는 것이 좋겠지요.
감사합니다 100ns이상 돌렸을때 계속해서 dna말단에 패칭한부분의 수소결합이 풀려서 ff의 영향이 있는줄알았습니다
좋은 강의 감사합니다 !!
학습에 많은 도움이 되었습니다. 감사합니다!!
도움이 되었다니 기쁩니다.
EXCELLENT EXPLANATION THANKYOU VERY MUCH
how to calculate LogD and pka values?? any idea??
이주용 교수님. 연구실에서 하지 않던 MD 시뮬레이션을 하게 되어 막막하던차에 이런 영상을 찾게 되었네요. 정말 감사드린다는 말씀을 드리고 싶습니다. 영상 잘 보고 참조해보겠습니다.
네 도움이 되었다면 다행입니다~
안녕하세요, 좋은 강의 올려주셔서 감사합니다! 혹시 class 4 링크는 어디서 볼 수 있는지 알 수 있을까요?
영상 밑에 달려있을텐데요... 혹시 없다면 어떤 강의인지 구체적으로 알려주세요~
와드
고맙습니다 교수님....😆
명강의 잘 들었습니다 정말 도움 많이 되었습니다. 업로드 해 주셔서 감사합니다
좋은 강의 감사드립니다... 많이 배워갑니다 교수님
두번째 강의 영상도 감사합니다
시청해 주셔서 감사드립니다.
고맙습니다 교수님
도움이 됐다면 다행입니다
정말 감사합니다. 오아시스 같은 자료네요
도움이 되었다면 다행입니다~
Please can you send me your tutorial? i am new user of Dock6. i want to know also how to dock new molecule in the same pdb? not virtual screen i have just 5 molecules.