El set de prueba y el de prediccion son el mismo, si se conoce la actividad, el set de prediccion es una muestra del set total para correlacionar la regresión
tu explicación es muy clara me encanto que partiste desde cero para los que no estábamos muy familiarizados, excelente vídeo, estoy en espera de los próximos para usas las herramientas de acceso libre
muchas gracias profesor la labor que lleva aquí es muy valiosa, proporcionando una guía bastante útil de como llevar a cabo estudios qsar... El valor de esta información para estudiantes que no tenemos acceso de forma pagada es inmenso, gracias de verdad por su gran labor.
Hola>!!! Tengo una duda, ojala me puedas ayudar! Estoy utilizando el programa test para obtener la ld50 de solanina, ¿qué descriptores moleculares puede utilizar? y cuales son los parámetros ajustados? esta es la ecuación: Toxicity = ax1 + bx2 + c where x1 and x2 are the independent descriptor variables and a, b, and c are fitted parameters.
Hola, los descriptores no son comunes, dependen del grupo de moléculas que estás analizando. Los que mejor se ajusten al comportamiento de tus datos experimentales.
Son descriptores moleculares, debes evaluar cuanto aporta a tu modelo cada propiedad o característica. Los índices topológicos podrían explicar un comportamiento del modelo o no aportar nada, así que debes revisarlo en tu modelo. Es solo un descriptor.
Una consulta, por ejemplo ¿es posible utilizar los datos experimentales de un grupo de compuestos que inhiben a un protozoario parasito, para elaborar un QSAR que utiliza los mismos compuestos para para inhibir un virus, sabiendo que hay estudios in vitro que prueban la acción inhibitoria del compuesto líder para este virus en particular?. Gracias.
Si tienes datos de la "inhibición" del virus se puede hacer el QSAR, pero no puedes usar un endpoint que no has probado. Si quieres comparar la efectividad con otro organismo podrías hacer otros estudios como docking y dinámica molecular.
Hola profe viendo tu video al final comentas si hay algun sofware que nos gustaria que analizaras, la verdad estoy recien entreado al canal, pero me gustaria saber si existe una guia de PaDEL descriptors, como funciona y su proposito ya que no se si es especificamente un sofware para realizar QSAR, o solo una base de datos de descriptores.
Buena observación, es una herramienta basada en propiedades químicas. Cómo siempre su enfoque lo he usado en la biología, pues me queda la costumbre. Gracias por la precisión.
Excelente canal, uno de los mejores que he visto.
Felicitaciones
Tu video es excelente, gracias por compartir. Sigue adelante...
el docking va antes del QSAR?
Son dos herramientas diferentes, puedes hacer cualquiera de forma independiente. Incluso se suelen publicar separados.
El set de prueba y el de prediccion son el mismo, si se conoce la actividad, el set de prediccion es una muestra del set total para correlacionar la regresión
tu explicación es muy clara me encanto que partiste desde cero para los que no estábamos muy familiarizados, excelente vídeo, estoy en espera de los próximos para usas las herramientas de acceso libre
Suscribete que se vienen más vídeos. ;)
muchas gracias profesor la labor que lleva aquí es muy valiosa, proporcionando una guía bastante útil de como llevar a cabo estudios qsar... El valor de esta información para estudiantes que no tenemos acceso de forma pagada es inmenso, gracias de verdad por su gran labor.
Gracias por brindar sus conocimientos, para alguien que esta intentando ingresar al mundo del Machine Learning.
Un saludo desde Perú
Mas videos sobre QSAR, porfavor! ♥
Hola>!!!
Tengo una duda, ojala me puedas ayudar!
Estoy utilizando el programa test para obtener la ld50 de solanina, ¿qué descriptores moleculares puede utilizar?
y cuales son los parámetros ajustados?
esta es la ecuación:
Toxicity = ax1 + bx2 + c
where x1 and x2 are the independent descriptor variables and a, b, and c are fitted parameters.
Hola, los descriptores no son comunes, dependen del grupo de moléculas que estás analizando. Los que mejor se ajusten al comportamiento de tus datos experimentales.
Hola, muy buen video, tengo una duda, ¿para que sirven los indices topologicos en el modelo QSAR? Dios le bendiga, muchas gracias
Son descriptores moleculares, debes evaluar cuanto aporta a tu modelo cada propiedad o característica. Los índices topológicos podrían explicar un comportamiento del modelo o no aportar nada, así que debes revisarlo en tu modelo. Es solo un descriptor.
Una consulta, por ejemplo ¿es posible utilizar los datos experimentales de un grupo de compuestos que inhiben a un protozoario parasito, para elaborar un QSAR que utiliza los mismos compuestos para para inhibir un virus, sabiendo que hay estudios in vitro que prueban la acción inhibitoria del compuesto líder para este virus en particular?. Gracias.
Si tienes datos de la "inhibición" del virus se puede hacer el QSAR, pero no puedes usar un endpoint que no has probado. Si quieres comparar la efectividad con otro organismo podrías hacer otros estudios como docking y dinámica molecular.
@@Andryech Muchas gracias por su respuesta. Saludos desde Perú.
Puedo utilizar este programa para modelar una electrorremediacion ?
Claro que si, solo necesitas datos experimentales para basarte en ellos y construir tu modelo.
Hola profe viendo tu video al final comentas si hay algun sofware que nos gustaria que analizaras, la verdad estoy recien entreado al canal, pero me gustaria saber si existe una guia de PaDEL descriptors, como funciona y su proposito ya que no se si es especificamente un sofware para realizar QSAR, o solo una base de datos de descriptores.
Solo es para calcular descriptores, pero está interesante. Espero poder traerlo pronto.
@@Andryech gracias profe sería un gran aporte, me encaminó a realizar una investigación en drug discovery y me comentaron que es esencial usar PaDEL.
Quimioinformatica, no confundan bioinformática
Buena observación, es una herramienta basada en propiedades químicas. Cómo siempre su enfoque lo he usado en la biología, pues me queda la costumbre. Gracias por la precisión.