Olá, Rodrigo. Super obrigada pela aula . Eu preciso fazer um gráfico que contenha a riqueza de espécies observada junto com a riqueza estimada e não tenho idéia de como fazer isso. :(
Obrigada po rcompartilhar esse conhecimento Rodrigo! Fiquei com dúvida quanto ao gráfico de rarefação, se a rarefação é para atenuar a riqueza ao mesmo número de indivíduos, o eixo x não deveria ser indiviuos ao invés de unidade amostral?
Olá Laís! Eu que agradeço seu interesse em somar conosco aqui no Canal. Então, conforme exponho no vídeo, o interessante da curva de rarefação é que o pesquisador use sim número número espécies e número de indivíduos (uma vez que esta embutido dentro do conceito de diversidade riqueza e dominância). Também pode ser utilizado número de espécies pelo tamanho a área (conforme previsto na teoria relação espécie/área). No entanto, existem situações em que o pesquisador não definiu o tamanho da área e, tão pouco contabilizou o número de indivíduos, como por exemplo, em um estudo de levantamento florístico. Nesta caso, podemos utilizar a rarefação utilizando o número de visitas à campo ou, como no exemplo do vídeo, utilizando as unidades amostrais. Espero ter conseguido responder a sua dúvida! mas se tiver mais perguntas fique à vontade para questionar! Grande abraço!
A rarefação então é o procedimento de aleatorizar as amostras? pelo que eu havia entendido, a rarefação é um procedimento de análise da curva da direita para a esquerda, para comparar qual é a riqueza comparando dois locais com o mesmo numero de indivíduos. Isto me deixou um pouco confuso.
Oi Joelmir. Isso que você relatou é a curva de acumulação de espécie. Já a rarefação é feito por meio de permutação, sendo sempre que possível usar a riqueza e número de indivíduos. Você pode fazer.uma rarefação com interpolação e extrapolação. O uso da rarefação seria mais interessante quando se pretende comparar amostras com tamanhos diferentes. Assim por exemplo, se uma comunidade tem 500 indivíduos e a outra tem 400, o ponto de corte para comparação da riqueza poderia ocorrer com a comunidade com menor número de indivíduos. Assim por exemplo a comunidade com 500 indivíduos possui 30 espécies, já a comunidade com 400 indivíduos possui 22 espécies, neste caso você fazer um ponto de corte no gráfico e verificar na primeira comunidade quantas especies foi encontrado quando se amostrou 400 indivíduos. Talavez comparando as duas comunidades neste ponto de corte a riqueza seja muito similar. A sobreposição do intervalo de confiança também ajuda na interpretação
Olá Rodrigo, muito obrigada pelos conteúdos! Eu trabalhei no mestrado com análise de conteúdo estomacal de aves passeriformes. Vejo muitos artigos que utilizam a "curva de saturação de presas" ou curva de acumulação de presas para observar se há "suficiência amostral", porém existe esta questão, que eu concordo, da sua crítica a respeito da área x amostras (riqueza de presas). Se não for possível fazer essa análise da área X amostras, qual a sua sugestão para o caso do meu trabalho? Qual programa você sugere que seja utilizado neste caso? Atenciosamente, Viviane
Boa tarde Viviane! Eu agradeço muito sua contribuição participando do nosso Canal. Então, não tenho muita leitura com conteúdo estomacal, talvez minha colocação seria até uma dúvida também kkkk. Eu já li alguns artigos de levantamento insetos e aves que os autores usavam como um representativo da abundância os valores de frequência de observação. Será que isso não poderia ser feito com o conteúdo estomacal? Será que não poderia ser uma rarefação entre riqueza de presa X frequência de ocorrência? O que você acha?
@@rodrigomorais3065 Sim, seria ótimo assim, suas dúvidas fazem todo o sentido, mas infelizmente eu não tenho dados da abundância de insetos na natureza. Trabalhei com bichos de museu, sabe aquelas coisas que vc se arrepende de não ter incluído no projeto? Mas de qualquer forma, muito obrigada.
@@vivianekupriyanov8088 mas também não é errado fazer com presença e ausência! Só fiz uns apontamentos para Melhor aproveitar a rarefação! Abraços e sucesso!
Esse problema aboradado referente à estabilização da curva de acumulação de espécies é facilmente resolvido se colocarmos uma permutação alta (999) na hora que for gerar o gráfico.
Obrigado Wesley! Mas a intenção do vídeo é mostrar a lógica da construção da rarefação! Não é necessariamente para obtemos uma curva assintota. Abraços
Muito bom!!!
Como sempre, muito didático, Dr. Rodrigo.
Esperando você no Piauí doutor Evaldo!
Adorei sua explicação
Obrigado Carla pela atenção! Agradeço muito por visitar nosso canal ajudar no nosso trabalho!
Obrigada pela aula, Rodrigo!!
Muito bom relembrar de tudo aqui. Sucesso.
Oi Suzana! É um honra você visitando esse humilde canal! Abraços!
as unidades amostrais podem ser o fator tempo? tipo coletas mensais? excelente video!
Esse artigo vai te ajudar entender um pouco mais: Inext: an R packge for rarefaction and extrapolation of species diversity (Hill numbers)
Esse conteúdo é muito bom e didádico, o que aconteceu com o canal? Ancioso para ver mais!
Oi Erick! Ótimo ter você aqui! Essa semana volto a gravar aulas! Grande abraço!
Qual o nome do programa que faz o gráfico de rarefação?
Olá, Rodrigo. Super obrigada pela aula . Eu preciso fazer um gráfico que contenha a riqueza de espécies observada junto com a riqueza estimada e não tenho idéia de como fazer isso. :(
Oi Kefany!!! É possível fazer sim. Existem alguns programas que fazem isso. Posso ver aqui alguns script do programa R repassar para você.
@@rodrigomorais3065 Nossa, vai me ajudar demais! super obrigada
Obrigada po rcompartilhar esse conhecimento Rodrigo! Fiquei com dúvida quanto ao gráfico de rarefação, se a rarefação é para atenuar a riqueza ao mesmo número de indivíduos, o eixo x não deveria ser indiviuos ao invés de unidade amostral?
Olá Laís! Eu que agradeço seu interesse em somar conosco aqui no Canal. Então, conforme exponho no vídeo, o interessante da curva de rarefação é que o pesquisador use sim número número espécies e número de indivíduos (uma vez que esta embutido dentro do conceito de diversidade riqueza e dominância). Também pode ser utilizado número de espécies pelo tamanho a área (conforme previsto na teoria relação espécie/área). No entanto, existem situações em que o pesquisador não definiu o tamanho da área e, tão pouco contabilizou o número de indivíduos, como por exemplo, em um estudo de levantamento florístico. Nesta caso, podemos utilizar a rarefação utilizando o número de visitas à campo ou, como no exemplo do vídeo, utilizando as unidades amostrais. Espero ter conseguido responder a sua dúvida! mas se tiver mais perguntas fique à vontade para questionar!
Grande abraço!
A rarefação então é o procedimento de aleatorizar as amostras? pelo que eu havia entendido, a rarefação é um procedimento de análise da curva da direita para a esquerda, para comparar qual é a riqueza comparando dois locais com o mesmo numero de indivíduos. Isto me deixou um pouco confuso.
Oi Joelmir. Isso que você relatou é a curva de acumulação de espécie. Já a rarefação é feito por meio de permutação, sendo sempre que possível usar a riqueza e número de indivíduos. Você pode fazer.uma rarefação com interpolação e extrapolação. O uso da rarefação seria mais interessante quando se pretende comparar amostras com tamanhos diferentes. Assim por exemplo, se uma comunidade tem 500 indivíduos e a outra tem 400, o ponto de corte para comparação da riqueza poderia ocorrer com a comunidade com menor número de indivíduos. Assim por exemplo a comunidade com 500 indivíduos possui 30 espécies, já a comunidade com 400 indivíduos possui 22 espécies, neste caso você fazer um ponto de corte no gráfico e verificar na primeira comunidade quantas especies foi encontrado quando se amostrou 400 indivíduos. Talavez comparando as duas comunidades neste ponto de corte a riqueza seja muito similar. A sobreposição do intervalo de confiança também ajuda na interpretação
@@rodrigomorais3065 Ah sim! Agora ficou bem mais claro! Obrigado!!
Olá Rodrigo, muito obrigada pelos conteúdos! Eu trabalhei no mestrado com análise de conteúdo estomacal de aves passeriformes. Vejo muitos artigos que utilizam a "curva de saturação de presas" ou curva de acumulação de presas para observar se há "suficiência amostral", porém existe esta questão, que eu concordo, da sua crítica a respeito da área x amostras (riqueza de presas). Se não for possível fazer essa análise da área X amostras, qual a sua sugestão para o caso do meu trabalho? Qual programa você sugere que seja utilizado neste caso?
Atenciosamente,
Viviane
Boa tarde Viviane! Eu agradeço muito sua contribuição participando do nosso Canal. Então, não tenho muita leitura com conteúdo estomacal, talvez minha colocação seria até uma dúvida também kkkk. Eu já li alguns artigos de levantamento insetos e aves que os autores usavam como um representativo da abundância os valores de frequência de observação. Será que isso não poderia ser feito com o conteúdo estomacal? Será que não poderia ser uma rarefação entre riqueza de presa X frequência de ocorrência? O que você acha?
@@rodrigomorais3065 Sim, seria ótimo assim, suas dúvidas fazem todo o sentido, mas infelizmente eu não tenho dados da abundância de insetos na natureza. Trabalhei com bichos de museu, sabe aquelas coisas que vc se arrepende de não ter incluído no projeto? Mas de qualquer forma, muito obrigada.
@@vivianekupriyanov8088 mas também não é errado fazer com presença e ausência! Só fiz uns apontamentos para Melhor aproveitar a rarefação! Abraços e sucesso!
Esse problema aboradado referente à estabilização da curva de acumulação de espécies é facilmente resolvido se colocarmos uma permutação alta (999) na hora que for gerar o gráfico.
Obrigado Wesley! Mas a intenção do vídeo é mostrar a lógica da construção da rarefação! Não é necessariamente para obtemos uma curva assintota. Abraços