@@BrunoVilelaEco Acredita que tava dando erro. fui tentar novamente hj e notei q msm com o comando nao tinha intalado o "Vegan" e tbm vi q os dados eu nao tinha salvo no lugar correto, estava um diretorio antes.
Excelente explicação !! Adorei o vídeo me ajudou a entender bem a curva de rarefação. Gostaria de perguntar se tem algum vídeo seu explicando como plotar estimadores de riqueza junto com a curva de rarefação, por exemplo Jackniffe 1, ou se não tiver, se poderia explicar, indicar material. Obrigado :)
Oi Marta, que bom que ajudou! A função specpool do pacote vegan calcula isso. Ai no gráfico adiciona um geom_point e o geom_linerange, como abaixo. Abs! acumula
@@BrunoVilelaEco, eu não esperava o código, muitissímo obrigado. Eu estava usando a função specpool mas não sabia montar para o gráfico. Já usei e deu super certo, modifiquei para usar Jackniffe1. Agradeço muitíssimo sua resposta !!!! Já
Oi Sérgio, se você for ao arquivo de ajuda da função no R (usando a função help(NOME_DA_FUNCAO) ou ?NOME_DA_FUNCAO), vai encontrar na aba Details toda os detalhes do método.
@@linacristinavasquezuribe5799 Então, como explicado no vídeo, a melhor forma é usar a curva de rarefação e não do coletor (apesar de que algumas pessoas vão usar os nomes intercaladamente, o melhor é diferenciar). Eu sugiro que não utilizem a curva do coletor tradicional (sem fazer a aleatorização de uma curva de rarefação). Em relação ao estimador de riqueza (por bootstrap), ai é outra coisa, em alguns comentários eu mostro como adicionar um estimador de riqueza ao final da curva, pois acho que assim é melhor maneira de mostrar isso, porque você não precisa ver um estimador ao longo de todo o esforço amostral, a não ser que tenha uma razão específica. Espero que tenha ajudado! Abs!
Olá @Bruno Vilela, sensacional o vídeo! Muito completo e didático!!! Queria tirar uma dúvida no código para calcular a linha superior e inferior você calcula a riqueza menos o desvio padrão (s - sd). Tem alguma forma de colocar o intervalo de confiança nos valores das linhas superior e inferior? Teria que fazer algum cálculo prévio ou na própria função tem essa possibilidade? Agradeço a atenção! Abraços!!!
Ótimo vídeo como sempre!!! tenho uma dúvida e agradeço muito se puder sanar: 1. A curva em 12:09 é de rarefação ? pois estava falando com um amigo e ele me disse que essa seria uma curva de acumulação junta com o desvio padrão. entao fiquei na dúvida. 2. no eixo x eu posso usar uma medida de tempo? por exemplo o número de espécies registradas em 12 meses?
Oi Gustavo, 1 - O método é uma rarefação baseada em locais. Também é conhecido por estimativa de Mao Tau. Pode dar uma olhada nas referências do help da função: www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/specaccum 2 - sim!
Bruno, muito obrigada pelo vídeo, didático e de alta qualidade. Eu travei nessas análises aqui e gostaria de tirar uma dúvida. Nesse script você mostrou como fazer a curva de rarefação com a função specaccum. Qual a diferença de calcular a curva de rarefação (riqueza x amostras) através dessa forma e pela função rarefy e depois rarecurve?
Oi Vitoria, não tem diferença se você for calcular com base em indivíduos para uma única localidade. A função specaccum engloba a função rarefy e tem mais opções além dessa, também prefiro a flexibilidade de plotar os dados como quero ao invés de usar a função rarecurve diretamente, mas não há problema nenhum em usa-las se você quer uma rarefação baseada em indivíduos. Abs!
Oi, amei o video. Como posso colocar a legenda do gráfico? Anexei aquela parte de script que estima a riqueza de espécies. Queria uma legenda para botar o que é observado e o estimado.
Oi Amanda, legal que gostou! Isso é um pouco mais complicado (uma explicação completa está aqui: stackoverflow.com/questions/70612474/how-add-legend-in-ggplot). Mas segue o código de exemplo que coloquei em outro comentário, onde acrescento o jacknife ao plot, mas agora acrescentei tb a legenda. Espero que ajude! acumula
Ótimo vídeo. Parabéns e obrigado . Estou iniciando agora no mundo da estatística e tenho uma dúvida . O exemplo dado no vídeo é uma curva de rarefacao certo? Nesse caso existem outras formas de se obter o mesmo resultado usando o R ?
Olá Gustavo, sim é uma curva de rarefação. Existem diferentes pacotes que calculam uma curva de rarefação no R, incluindo por exemplo os pacotes vegan e o iNext. Também é possível programar sua própria função para uma curva de rarefação. Abs!
Olá Andressa, que bom que te ajudou. Como eu falo no vídeo, essa não é a melhor maneira de representar o esforço de coleta. Fiz apenas para demonstrar, então, infelizmente eu não tenho o script, se não me engano fiz com o excel rapidinho.
Oi Rogério, Como coloquei abaixo para Marta, a função specpool do pacote vegan calcula isso. Ai no gráfico adiciona um geom_point e o geom_linerange, como abaixo. Abs! acumula
Parabéns pela excelente e didática explicação! Tenho uma dúvida, gostaria de saber se é possível gerar várias curvas de rarefação, usando a mesma matriz, e plotar em um único gráfico com especificações de cada curva ? (não sei se deu pra entender o que eu quis dizer kkk) Obrigado desde já !
Oi Rodrigo, na aula 12 eu ensino como extrapolar algumas curvas de rarefação usando o pacote iNext. Esse mesmo pacote e o código que mostro pode ser utilizado para o que você quer. ruclips.net/video/0WTFG4INzJg/видео.html Dá uma olhada no minuto 7:49.
parabéns pela aula! excelente didática.
Muito obrigado Bruno, gostei do video.
Obrigado pelo feedback, Fenz, fico feliz que gostou!
@@BrunoVilelaEco Cuando possa você, suba mais vídeos. Um abraço desde Perú e muitos sucessos maestro.
Vídeo perfeito! Vou indicá-lo! Meus parabéns!
Obrigado, Cássio!
Muito obrigado pelo vídeo!! Ótima explicação!
Obrigado! bom que ajudou!
👏👏👏👏👏
Fala Bruno, eu vou pegar sua explicação para fazer uma curca de acumulaçaçao de espécies no R. espero da certo. Vlw pela explicação
Legal Bruno! Qualquer coisa só falar!
@@BrunoVilelaEco Acredita que tava dando erro. fui tentar novamente hj e notei q msm com o comando nao tinha intalado o "Vegan" e tbm vi q os dados eu nao tinha salvo no lugar correto, estava um diretorio antes.
@@brunomaltarolo2425 Entendi, bem espero que agora que notou essas coisas, tenha conseguido!
Vídeo maravilhoso
Obrigado, Katrine. Fico feliz que tenha ajudado!
Excelente explicação !! Adorei o vídeo me ajudou a entender bem a curva de rarefação. Gostaria de perguntar se tem algum vídeo seu explicando como plotar estimadores de riqueza junto com a curva de rarefação, por exemplo Jackniffe 1, ou se não tiver, se poderia explicar, indicar material. Obrigado :)
Oi Marta, que bom que ajudou!
A função specpool do pacote vegan calcula isso.
Ai no gráfico adiciona um geom_point e o geom_linerange, como abaixo.
Abs!
acumula
@@BrunoVilelaEco, eu não esperava o código, muitissímo obrigado. Eu estava usando a função specpool mas não sabia montar para o gráfico. Já usei e deu super certo, modifiquei para usar Jackniffe1. Agradeço muitíssimo sua resposta !!!! Já
@@rsilvamarta Pode colar essa função modificada aqui? pode ajudar outras pessoas
Ótimo vídeo! Tenho uma dúvida, como sei quais os parâmetros de aleatorização o Vegan utilizou?
Oi Sérgio, se você for ao arquivo de ajuda da função no R (usando a função help(NOME_DA_FUNCAO) ou ?NOME_DA_FUNCAO), vai encontrar na aba Details toda os detalhes do método.
@@BrunoVilelaEco Muito obrigado!
Muito bom! ganhou um inscrito! tem mais vídeos nessa didática com outros tipos de gráficos para ecologia?
Tem uma breve aula sobre gráficos: ruclips.net/video/_nx1ihe-oyQ/видео.html
Muito obrigada pela explicação. Você já fez curvas de incidência de espécies no R? muito obrigada
Oi Lina, as análises de rarefação foram feitas todas no R. O que você quis dizer com curva de incidência, a curva do coletor inicial?
@@BrunoVilelaEco sim curva do coletor. Bootstrap estimate
@@linacristinavasquezuribe5799 Então, como explicado no vídeo, a melhor forma é usar a curva de rarefação e não do coletor (apesar de que algumas pessoas vão usar os nomes intercaladamente, o melhor é diferenciar). Eu sugiro que não utilizem a curva do coletor tradicional (sem fazer a aleatorização de uma curva de rarefação). Em relação ao estimador de riqueza (por bootstrap), ai é outra coisa, em alguns comentários eu mostro como adicionar um estimador de riqueza ao final da curva, pois acho que assim é melhor maneira de mostrar isso, porque você não precisa ver um estimador ao longo de todo o esforço amostral, a não ser que tenha uma razão específica. Espero que tenha ajudado! Abs!
Olá @Bruno Vilela, sensacional o vídeo! Muito completo e didático!!!
Queria tirar uma dúvida no código para calcular a linha superior e inferior você calcula a riqueza menos o desvio padrão (s - sd). Tem alguma forma de colocar o intervalo de confiança nos valores das linhas superior e inferior?
Teria que fazer algum cálculo prévio ou na própria função tem essa possibilidade?
Agradeço a atenção! Abraços!!!
Oi Vinícius, só precisaria mudar o valor do desvio padrão pelo valor do intervalo de confiança.
Assim:
acumula$sd
Sendo N o número de amostras
@@BrunoVilelaEco Muito obrigado!!!!
Ótimo vídeo como sempre!!!
tenho uma dúvida e agradeço muito se puder sanar:
1. A curva em 12:09 é de rarefação ? pois estava falando com um amigo e ele me disse que essa seria uma curva de acumulação junta com o desvio padrão. entao fiquei na dúvida.
2. no eixo x eu posso usar uma medida de tempo? por exemplo o número de espécies registradas em 12 meses?
Oi Gustavo,
1 - O método é uma rarefação baseada em locais. Também é conhecido por estimativa de Mao Tau. Pode dar uma olhada nas referências do help da função: www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/specaccum
2 - sim!
Bruno, muito obrigada pelo vídeo, didático e de alta qualidade. Eu travei nessas análises aqui e gostaria de tirar uma dúvida. Nesse script você mostrou como fazer a curva de rarefação com a função specaccum. Qual a diferença de calcular a curva de rarefação (riqueza x amostras) através dessa forma e pela função rarefy e depois rarecurve?
Oi Vitoria, não tem diferença se você for calcular com base em indivíduos para uma única localidade. A função specaccum engloba a função rarefy e tem mais opções além dessa, também prefiro a flexibilidade de plotar os dados como quero ao invés de usar a função rarecurve diretamente, mas não há problema nenhum em usa-las se você quer uma rarefação baseada em indivíduos. Abs!
Oi, amei o video. Como posso colocar a legenda do gráfico? Anexei aquela parte de script que estima a riqueza de espécies. Queria uma legenda para botar o que é observado e o estimado.
Oi Amanda, legal que gostou!
Isso é um pouco mais complicado (uma explicação completa está aqui: stackoverflow.com/questions/70612474/how-add-legend-in-ggplot).
Mas segue o código de exemplo que coloquei em outro comentário, onde acrescento o jacknife ao plot, mas agora acrescentei tb a legenda. Espero que ajude!
acumula
@@BrunoVilelaEco mto obrigada
Ótimo vídeo. Parabéns e obrigado .
Estou iniciando agora no mundo da estatística e tenho uma dúvida .
O exemplo dado no vídeo é uma curva de rarefacao certo? Nesse caso existem outras formas de se obter o mesmo resultado usando o R ?
Olá Gustavo, sim é uma curva de rarefação. Existem diferentes pacotes que calculam uma curva de rarefação no R, incluindo por exemplo os pacotes vegan e o iNext. Também é possível programar sua própria função para uma curva de rarefação. Abs!
Olá Bruno, ótimo vídeo, ajudou bastante. Você pode disponibilizar o script usado para montar o gráfico mostrado no minuto 3:45? Desde já, agradeço!
Olá Andressa, que bom que te ajudou. Como eu falo no vídeo, essa não é a melhor maneira de representar o esforço de coleta. Fiz apenas para demonstrar, então, infelizmente eu não tenho o script, se não me engano fiz com o excel rapidinho.
Certo, muito obrigada! Já me inscrevi no canal e vou acompanhar os vídeos, parabéns pelo projeto
@@andressabach6615 Obrigado!
Tenho uma dúvida. É possível acrescentar um estimador de riqueza nessa curva? Seria interessante um vídeo sobre. Excelente aula, aprendi bastante!
Oi Rogério,
Como coloquei abaixo para Marta, a função specpool do pacote vegan calcula isso.
Ai no gráfico adiciona um geom_point e o geom_linerange, como abaixo.
Abs!
acumula
@@BrunoVilelaEco muito obrigado! Vai me ajudar bastante!
Parabéns pela excelente e didática explicação! Tenho uma dúvida, gostaria de saber se é possível gerar várias curvas de rarefação, usando a mesma matriz, e plotar em um único gráfico com especificações de cada curva ? (não sei se deu pra entender o que eu quis dizer kkk) Obrigado desde já !
Oi Rodrigo, na aula 12 eu ensino como extrapolar algumas curvas de rarefação usando o pacote iNext. Esse mesmo pacote e o código que mostro pode ser utilizado para o que você quer. ruclips.net/video/0WTFG4INzJg/видео.html Dá uma olhada no minuto 7:49.
@@BrunoVilelaEco Nossa, muito obrigadoo! eu vou dar uma olhada sim!
A tento fazer a curva de Rarefação tenho sempre o segunite erro: In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
Resolvido. obrigada
Consegue dar um curso completo sobre esse assunto?
Olá! Existem alguns cursos que posso ministrar sobre esse tema. Se tiver interesse, pode me contactar por e-mail em bvilela.bv@gmail.com.