Estou finalizando meu mestrado em genética e sempre senti falta de conteúdo de qualidade e completo como o seu ainda mais em português. Obrigada por disponibilizar seu tempo pra divulgar esse tipo de conhecimento, seu conteúdo é incrível!
@@UniversodaBioMol você poderia me tirar uma dúvida? no meu caso estou desenhando primers degenerados e tentei fazer pelo método que você fez de alinhar várias sequências, porém meu alinhamento não deu nenhuma região grande o suficiente conservada como no exemplo que você deu no vídeo. O primer3plus reconhece as bases degeneradas (Y, K, S, B, etc) ou existe algum outro programa que reconheça para conseguir desenhar com essas regiões?
@@juliamesquita4947 Tenta usar o HYDEN (acgt.cs.tau.ac.il/hyden/HYDEN.htm) ou o PrimerBlast (www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/). Depois me conta se conseguiu
@@juliamesquita4947 Também achei essa daqui: bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/genefisher2. Na aba submission, vc pode utilizar tanto a sequência de DNA como a sequência de aminoácidos. Nesse último caso, a ferramenta vai tipo um processo inverso de tradução. Em ambos os casos, tente usar a sequência mais conservada que tiver
@@UniversodaBioMol oiii! Obrigada pelas dicas! testei todos mas não consegui muito resultado, dei uma pesquisada mais afundo e acabei achando o PRIMACLADE que me ajudou bastante, ele aceita como entrada o arquivo do alinhamento e não precisa ser uma sequência só, além disso ele executa interativamente com o primer3. www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539448 aqui tem um artigo que explica direitinho como ele funciona, caso você tenha interesse. De qualquer forma muito obrigada pela disposição em ajudar, me ajudou independentemente! Abraços!
Você poderia escrever um livro que fala tudo sobre PCR e tempo Real. Seria sensacional e salvariam vários estudantes kkk No entento, agradeço imensamente este canal. Está de parabéns!!
Excelente aula, muito didática! Respondeu a várias dúvidas que tinha em relação aos parâmetros a serem observados na hora do desenho que nem cursos pagos comentam!! Obrigada por disponibilizar esse conteúdo e de forma gratuita ainda! Só amor por esse canal
Aula maravilhosa! Gostaria de saber se essa metodologia serve também para Primers degenerados (para diagnóstico de Polimorfismos). No caso não for, seria possível fazer uma aula sobre? Agradeço.
Oi professor, estou na graduação ainda e precisava muito de um aula assim pra me ajudar no meu TCC. Muito obrigada pela explicação incrível e detalhada!!
Muito obrigado por essa aula! Foi uma aula bem didática, bem prática e entendível. Realmente muitas dúvidas foram esclarecidas. Super recomendo este vídeo e os outros. Obrigado pela sua dedicação.
Ótima aula, mas fiquei com uma grande dúvida. No meu aparece alguns parâmetros que não aparece no seu exemplo, como "primer bound" "Concentração de DMSO" e etc. Fiz algo errado, ou como poderia colocar?
sobre os parÂmetros para o desenho de primer, o item B, a quantidade ideal de G, C deve estar entre 40 e 60%. Baseado nisso, posso aplicar essa idéia da porcentagem para a curva de melting também, principalmente para selecionar um SNP e genotipar por HRM?
Cara, muuuuito obrigado pela aula!!!! Simplesmente show de bola!!!! Já me inscrevi e quero acompanhar novos conteúdos...e tirar umas dúvidas, é claro..rs. Vlw!?
Que aula maravilhosa, que canal maravilhoso, professor! Estava super precisando a desenhar primers e encontrei o seu canal! Me ajudou demais, não pare nunca com esse conteúdo útil e perfeito!!! ♥
Parabéns pela aula, conteúdo muito bom e prático!!!! 👏👏👏 Queria tirar uma dúvida a respeito do cation monovalente! O mastermix (firepol, solis biodyne) que uso tem (nh4)2so4 no lugar de KCl.. a concentração final dele é 20, posso substituir então o "50" do padrão para 20? Ou utilizo algum outro parâmetro quando o buffer tem sulfato de amonia? Obrigada!
Ótima aula! Parabéns! Vc sabe alguma forma de avaliar especificidade dos primers degenerados? Existe algum limite de numero de bases degeneradas dentro de um primer?
Renato, não tenho muita experiência com primers degenerados. Dá uma olhada nos comentários aqui abaixo que teve uma conversa sobre isso. Veja se ajuda.
Obrigado. Semana que vem eu vou abrir vagas para um evento gratuito: Intensivão da Análise da Expressão Gênica por RT-qPCR. Nesse evento vai ter aulas sobre desenho de primers e sondas para qPCR. Se vc já estiver inscrita lá no site do Universo da Biomol vai receber o convite por email.
Material de alta qualidade. Parabéns!.. Se me permite tirar um dúvida.. Em um estudo de expressão gênica, o que devo levar em consideração para escolher em utilizar um alvo com ID no NCBI NM ou XM?
NM porque geralmente as sequências são curadas. Mas não deixe de usar o Ensembl também. Lá é até melhor para buscar as junções exon-exon de seus alvos.
Eduardo me tira uma duvida, Eu to desenhando um primer para um tipo de virus , E para todos os 5 par de primers o meu Any e o End deram alterados consequentemente meu HP tambem deu . Como eu corrijo isso?
No caso do meu material ser de um transcriptoma, tem bases de DNA, eu faço a prospecção dos microssatélites e dos primers como se fosse para DNA ou para RNA?
Prof, me surgiu uma dúvida! O left primer não deveria ser uma sequência complementar a fita molde? Por que no primer3plus o left primer é igual a sequência molde??
Alguém sabe como faço para visualizar TB, HP 3'STAB E penalty em 2022? Parece que o site alterou o templete e não existe mais a opção de analise geral. Esses parâmetros não aparecem quando faço a analise. Estou analisando na opção Detection.
Tudo bem :), estou gostando muito do canal, estou terminando minha pós em Genética Molecular na FMUSP e vou ingressar em um mestrado em seguida, continue disseminando conhecimento.
ola tenho uma duvida pois ainda não fiz minhas aulas praticas !!!!porem não encontrei em nenhum video resposta como é feita a escolha do alvo em que quero estudar da molecula isso ainda não esta claro na minha mente me perdoe se fiz pergunta boba porem voltando a estudar a pouco tempo se alguem puder ajudar !!!!
Opa. Tudo bem? Se analisa DNA quando o objetivo é estudar a estrutura do genoma. Se estuda RNA quando o objetivo é saber como, quando e quanto o genoma é expresso.
![Chino Pacas - Modo Capone (with Drake & Fuerza Regida) [Video Oficial]](http://i.ytimg.com/vi/zjv8TQ0gBkg/mqdefault.jpg)
Aula espetacular. Tirou todas as dúvidas que estava tendo, me dando autonomia e segurança para desenhar meus primers. Muito obrigado!!!
Que bom Joaquim. Estamos aqui pra isso!!! Boa sorte na sua jornada.
Como definir a escala?
Estou finalizando meu mestrado em genética e sempre senti falta de conteúdo de qualidade e completo como o seu ainda mais em português. Obrigada por disponibilizar seu tempo pra divulgar esse tipo de conhecimento, seu conteúdo é incrível!
Muito obrigado, Júlia. E que venha o doutorado. Estamos aí!! Boa sorte.
@@UniversodaBioMol você poderia me tirar uma dúvida? no meu caso estou desenhando primers degenerados e tentei fazer pelo método que você fez de alinhar várias sequências, porém meu alinhamento não deu nenhuma região grande o suficiente conservada como no exemplo que você deu no vídeo. O primer3plus reconhece as bases degeneradas (Y, K, S, B, etc) ou existe algum outro programa que reconheça para conseguir desenhar com essas regiões?
@@juliamesquita4947 Tenta usar o HYDEN (acgt.cs.tau.ac.il/hyden/HYDEN.htm) ou o PrimerBlast (www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/). Depois me conta se conseguiu
@@juliamesquita4947 Também achei essa daqui: bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/genefisher2. Na aba submission, vc pode utilizar tanto a sequência de DNA como a sequência de aminoácidos. Nesse último caso, a ferramenta vai tipo um processo inverso de tradução. Em ambos os casos, tente usar a sequência mais conservada que tiver
@@UniversodaBioMol oiii! Obrigada pelas dicas! testei todos mas não consegui muito resultado, dei uma pesquisada mais afundo e acabei achando o PRIMACLADE que me ajudou bastante, ele aceita como entrada o arquivo do alinhamento e não precisa ser uma sequência só, além disso ele executa interativamente com o primer3.
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15539448 aqui tem um artigo que explica direitinho como ele funciona, caso você tenha interesse. De qualquer forma muito obrigada pela disposição em ajudar, me ajudou independentemente! Abraços!
Nem no meu mestrado tive uma aula tão sensacional. Muito obrigada!!!!
Obrigada pela aulaa ❤ estou amando os videos, assinei o curso de tao bom que foi as aulas do yt
Incrível, nunca fiquei tão feliz com uma vídeo aula de 2 horas! Tirei minhas dúvidas!!!
Você poderia escrever um livro que fala tudo sobre PCR e tempo Real. Seria sensacional e salvariam vários estudantes kkk No entento, agradeço imensamente este canal. Está de parabéns!!
isso n é uma aula é um espetáculo.
Excelente aula, muito didática! Respondeu a várias dúvidas que tinha em relação aos parâmetros a serem observados na hora do desenho que nem cursos pagos comentam!! Obrigada por disponibilizar esse conteúdo e de forma gratuita ainda! Só amor por esse canal
Muito obrigada!!! Ótima aula, esclareceu todas as minhas dúvidas. Muito obrigada pelo conteúdo gratuito de de qualidade
Impressionada com a qualidade dessa aula. Incrível mesmo.
Muito obrigado 😃
Mais uma aula excelente! Pouco a pouco estou assistindo a todas.
Vc é muito bom Eduardo, Obrigada!!!!
Aula impecável, muito obrigada!!
Muito obrigada pelo conteúdo gratuito 😊 tem me ajudado muito no estágio de bio mol
Aula maravilhosa! Gostaria de saber se essa metodologia serve também para Primers degenerados (para diagnóstico de Polimorfismos). No caso não for, seria possível fazer uma aula sobre? Agradeço.
Aula maravilhosa, primeira vez que acho este conteúdo de forma tão didática no youtube, parabéns
Obrigado, Shirley.
Aula impecável!! Valeu demais por disponibilizar este conteúdo por aqui!
Oi professor, estou na graduação ainda e precisava muito de um aula assim pra me ajudar no meu TCC. Muito obrigada pela explicação incrível e detalhada!!
Excelente aula, parabéns pelo canal e pelo ótimo trabalho! 🧬🔬
Essa aula é maravilhosa Eduardo. Parabéns! Me ajudou muito.
Muitissimo obrigada por essa aula! Vou até fazer download dela caso um dia venha aqui e nao ache kkk. Valeu mesmo! Aula completa e bem explicada!
Excelentíssima aula!!! Gratidão!
Fantástica aula!!! Gratidão!!!
Aula incrível! Obrigada, professor! Super didático. Ajudou demaaaais.
Muito obrigado por essa aula!
Foi uma aula bem didática, bem prática e entendível.
Realmente muitas dúvidas foram esclarecidas. Super recomendo este vídeo e os outros.
Obrigado pela sua dedicação.
Obrigado vc, Raul!!
Excelente, nada a falar, só a agradecer!
Excelente! Parabéns.
Ótima aula, mas fiquei com uma grande dúvida. No meu aparece alguns parâmetros que não aparece no seu exemplo, como "primer bound" "Concentração de DMSO" e etc. Fiz algo errado, ou como poderia colocar?
Conteúdo muito bom e raro!! Muito obrigada
Parabéns por sua aula, excelente didática e explicação esclarecedora!!!
Que aula! Melhor aula que já assisti sobre o assunto.
Obrigada pela aula, professor !! Uma duvida: existe casos onde a temperatura de anelamento é maior do que a temperatura de melting?
Não. A Ta é sempre uns 4-5 abaixo da Tm.
Parabéns pelo empenho. Muitíssimo útil e esclarecedor.
sobre os parÂmetros para o desenho de primer, o item B, a quantidade ideal de G, C deve estar entre 40 e 60%. Baseado nisso, posso aplicar essa idéia da porcentagem para a curva de melting também, principalmente para selecionar um SNP e genotipar por HRM?
Excelente aula, professor! Teria como desenhar primers loop para LAMP?
Cara, muuuuito obrigado pela aula!!!!
Simplesmente show de bola!!!! Já me inscrevi e quero acompanhar novos conteúdos...e tirar umas dúvidas, é claro..rs. Vlw!?
Seja bem-vindo!
Conteúdo incrível e uma didática maravilhosa. Obrigada por compartilhar
Excelente conteúdo! Muito prático!
Muito obrigado!
Aula muito boa!!!!
Que aula maravilhosa, que canal maravilhoso, professor! Estava super precisando a desenhar primers e encontrei o seu canal! Me ajudou demais, não pare nunca com esse conteúdo útil e perfeito!!! ♥
Aula Top! Obrigado Eduardo!
Muito bom. Muito obrigado!
Parabéns que grande trabalho e riqueza de detalhes.
Parabéns pela aula, conteúdo muito bom e prático!!!! 👏👏👏
Queria tirar uma dúvida a respeito do cation monovalente! O mastermix (firepol, solis biodyne) que uso tem (nh4)2so4 no lugar de KCl.. a concentração final dele é 20, posso substituir então o "50" do padrão para 20? Ou utilizo algum outro parâmetro quando o buffer tem sulfato de amonia?
Obrigada!
hahaha já gostei só pelo nome da aula!!!!
Parabéns pela excelente aula!
Aula muito bom, já sou inscrito, gostaria de saber se o senhor oferece cursos na área?
Excelente aula. Parabéns!!!
Ola, td bem? gostaria de saber se vc conhece algum tutorial ou artigo que mostre como fazer primers convergente e divergente?
Pow show de bola, aprendi muito
Valeu meu amigo! Fico feliz em ajudar
@@UniversodaBioMol aprendi mais que na aula da pós, valeu mesmo, mais uma vez parabéns pelo conteúdo! 🔝🔝🔝🔝
Parabéns ótima aula!! Muito bem explicado !!
Excelente aula. Obrigada!!!
Aula muito boa, conteúdo espetacular! Parabéns e obrigada por compartilhar seu conhecimento!
Muito bom.
Obrigado, Wallison
Ótima aula! Parabéns! Vc sabe alguma forma de avaliar especificidade dos primers degenerados? Existe algum limite de numero de bases degeneradas dentro de um primer?
Renato, não tenho muita experiência com primers degenerados. Dá uma olhada nos comentários aqui abaixo que teve uma conversa sobre isso. Veja se ajuda.
Parabéns! Aprendi muito! Obrigada!
Que bom!! Fico feliz
Muito boa essa aula, amei!
❤❤❤❤❤❤
Ótima aula!!
Incrível! Aula perfeita. Tenho uma pergunta: o desenho de primers para PCR digital pode ser realizado dessa mesma maneira?
Primers de dPCR são bem parecidos (se não idênticos) aos primers de qPCR 😉
@@UniversodaBioMol bem que poderia ter uma aula de desenho de primers para qPCR e sondas TaqMan 😍
Sensacional a aula. Teria uma de desenhar primers para qPCR?
Obrigado. Semana que vem eu vou abrir vagas para um evento gratuito: Intensivão da Análise da Expressão Gênica por RT-qPCR. Nesse evento vai ter aulas sobre desenho de primers e sondas para qPCR. Se vc já estiver inscrita lá no site do Universo da Biomol vai receber o convite por email.
@@UniversodaBioMol para o RT-qPCR não muda os programas né? São os mesmo que usou nesse vídeo?
Aula maravilhosa! Me ajudou muito, obrigada!
Que máquina é essa 20:50 que a empresa usa para montar os primers em ordens específicas?
Obrigada por essa aula maravilhosa!!!!!
Muito bom! Parabéns!!!!
Obrigado 😉
Material de alta qualidade. Parabéns!..
Se me permite tirar um dúvida..
Em um estudo de expressão gênica, o que devo levar em consideração para escolher em utilizar um alvo com ID no NCBI NM ou XM?
NM porque geralmente as sequências são curadas. Mas não deixe de usar o Ensembl também. Lá é até melhor para buscar as junções exon-exon de seus alvos.
Arrasou!!!!!⚘💕
Que aula espetacular!! Muito obrigada.
Eduardo me tira uma duvida, Eu to desenhando um primer para um tipo de virus , E para todos os 5 par de primers o meu Any e o End deram alterados consequentemente meu HP tambem deu . Como eu corrijo isso?
olá. se eu ja tenho o primer, como fazer para avaliar a estabilidade dele, Tm e Ta?
Muuuuito obrigada!!
Baita aula!
Olá, gostaria de saber o que são genes endógenos
No caso do meu material ser de um transcriptoma, tem bases de DNA, eu faço a prospecção dos microssatélites e dos primers como se fosse para DNA ou para RNA?
Prof, me surgiu uma dúvida!
O left primer não deveria ser uma sequência complementar a fita molde? Por que no primer3plus o left primer é igual a sequência molde??
Ótima aula, muito informativa! Você recomenda algum site, programa ou material para desenho de primers degenerados?
Valeu!! Dá uma olhada na conversa abaixo dessa com a Júlia.
Depois que eu perguntei eu achei! Muito obrigada, depois eu aviso se consegui.
Existe diferença entre Tm do primer e do fragmento em si?
Alguém sabe como faço para visualizar TB, HP 3'STAB E penalty em 2022? Parece que o site alterou o templete e não existe mais a opção de analise geral. Esses parâmetros não aparecem quando faço a analise. Estou analisando na opção Detection.
Como confirmar um primer já desenhado visto em um artigo científico? para ver se de fato é do gene de interesse msm.
Não é bom ter um HP alto então ne? Voce tem valores padroespara fazer uma comparação?
Para HP é melhor manter valores acima de -2 kcal/mol na extremidade 3' e acima de -3 kcal/ mol no interior do óligo
Pode disponibilizar este slide?
Geralmente quando vamos fazer o sequenciamento de algum gene, temos que desenhar os primers de cada exon do gene, como faz esse tipo de desenho?
Flavio, vc acredita que eu esqueci de falar sobre isso na aula? Vou gravar um vídeo rápido daqui a pouco explicando como fazer.
Tudo bem :), estou gostando muito do canal, estou terminando minha pós em Genética Molecular na FMUSP e vou ingressar em um mestrado em seguida, continue disseminando conhecimento.
@@flaviogalvaoribeiro5373 Se eu atender mais um desejo seu, pode me chamar de gênio da lâmpada. Tá na mão: ruclips.net/video/CP0eG49pMNA/видео.html
Esse metodo tambme funciona para fazer primer para rtPCR?
Oi. Tem algumas diferenças importantes. Tem a aula para RNA tb....dá uma olhada aí na playlist que eu mostro algumas dessas diferenças
Entao eu estou fazendo errado? Estou fazendo esse modo para rtPCR e consegui concluir.. mas entao nao é certo? Deixei no default
@@driribeiro6390 troca para a função qPCR no primer 3. Essa função já muito bem configurada para análise de expressão gênica
ola tenho uma duvida pois ainda não fiz minhas aulas praticas !!!!porem não encontrei em nenhum video resposta como é feita a escolha do alvo em que quero estudar da molecula isso ainda não esta claro na minha mente me perdoe se fiz pergunta boba porem voltando a estudar a pouco tempo se alguem puder ajudar !!!!
Opa. Tudo bem? Se analisa DNA quando o objetivo é estudar a estrutura do genoma. Se estuda RNA quando o objetivo é saber como, quando e quanto o genoma é expresso.
Essa aula pode te ajudar. As outras aulas dessa playlist tb. ruclips.net/video/6XoR79HN5xw/видео.html
Poxa obrigada por responder vou dar uma olhada no amanhã pois agora já fritei a mente por hoje estou cursando biomedicina!!!
Aula excelente!!!
Obrigado!! : )