Gracias Ricardo, espero que te haya servido. La verdad este tutorial lo hicimos para una necesidad particular, pero si es de interés lo podemos mejorar un poco. Saludos!
Exclente! justo lo que estaba buscando. Pero tengo una cuestión, estoy analizando cerca de 800 secuencias, no completas sino genes, ya están alineados y ahora estoy construyendo los árboles a 1000 bootstraps, pero el analisis se está demorando bastante, ya lleva 3 días analizando, la pregunta es, que tanto puede demorar construir el árbol con maxima verosimilitud ?
Depende de varios factores. Por una parte la cantidad de memoria y CPU tengas. ¿Qué largo tienen tus secuencias?. Eso también influye en cuanto demora el cálculo. Me cuentas y seguimos conversando. Saludos!
Buenos días Alex, he visto tus vídeos, que me han ayudado mucho. Estoy construyendo un árbol y tengo un problema que no consigo resolver. No sé por qué me salen unos booststrap muy bajos y muchas secuencias me aparecen separadas y sin agrupar. Quizás me puedas dar una solución. Muchísimas gracias
Hola Miguel! Según lo que me comentas es posible que las secuencias que te salen desagrupadas sean muy diferentes respecto de las otras. También sería conveniente revisar tu alineamiento ¿Qué usas para alinear?. Por otra parte, ¿estás alineando secuencias nucleotídicas o aminoacídicas?. Me cuentas y seguimos la conversación. Saludos!
Buenos dias, tengo una duda. Cuanto trato de hacer una filogenia pero me sale este mensaje: aligned sequences must be equal lengths. Nose que hacer, sabes a que se debe? Muchas gracias
Hola Patricio, este mensaje sale cuando uno carga secuencias directamente pero sin alinearlas previamente. Lo que te recomiendo es que primero subas tus secuencias a algún servidor como ClustalOmega o Mafft para alinearlas, luego descargues ese alineamiento y luego lo abras en Mega. Saludos!
Felicitaciones por la didáctica!
Gracias Ricardo, espero que te haya servido. La verdad este tutorial lo hicimos para una necesidad particular, pero si es de interés lo podemos mejorar un poco. Saludos!
Exclente! justo lo que estaba buscando. Pero tengo una cuestión, estoy analizando cerca de 800 secuencias, no completas sino genes, ya están alineados y ahora estoy construyendo los árboles a 1000 bootstraps, pero el analisis se está demorando bastante, ya lleva 3 días analizando, la pregunta es, que tanto puede demorar construir el árbol con maxima verosimilitud ?
Depende de varios factores. Por una parte la cantidad de memoria y CPU tengas. ¿Qué largo tienen tus secuencias?. Eso también influye en cuanto demora el cálculo. Me cuentas y seguimos conversando. Saludos!
Buenos días Alex, he visto tus vídeos, que me han ayudado mucho. Estoy construyendo un árbol y tengo un problema que no consigo resolver. No sé por qué me salen unos booststrap muy bajos y muchas secuencias me aparecen separadas y sin agrupar. Quizás me puedas dar una solución. Muchísimas gracias
Hola Miguel! Según lo que me comentas es posible que las secuencias que te salen desagrupadas sean muy diferentes respecto de las otras. También sería conveniente revisar tu alineamiento ¿Qué usas para alinear?. Por otra parte, ¿estás alineando secuencias nucleotídicas o aminoacídicas?. Me cuentas y seguimos la conversación. Saludos!
Tengo el mismo problema. Uso para alinear el próprio Mega, y estoy usando nucleotídicos
Buenos dias, tengo una duda. Cuanto trato de hacer una filogenia pero me sale este mensaje: aligned sequences must be equal lengths. Nose que hacer, sabes a que se debe? Muchas gracias
Hola Patricio, este mensaje sale cuando uno carga secuencias directamente pero sin alinearlas previamente. Lo que te recomiendo es que primero subas tus secuencias a algún servidor como ClustalOmega o Mafft para alinearlas, luego descargues ese alineamiento y luego lo abras en Mega. Saludos!