lo corrí en Linux, porque uso un clúster HPC para todos mis cálculos. hace un tiempo tenía una versión de Windows para probar en mí máquina pero últimamente hago todo directo en el clúster. a qué otro método te referis? GOAT puede usar cualquier método, pero se vuelve más lento.
¡Excelente video! Solo tengo una duda, el archivo que debo abrir para poder visualizar la lista de geometrías en Avogadro es el .out? Solo me aparece la estructura de menor energía. Puedo ver la lista de confórmeros y sus energías en el ".out" pero no he podidos ver en algún programa esas estructuras
Hay varios archivos de salida. Uno tiene una terminación finalensemble y creo que es .xyz ese se puede abrir con Chemcraft y no se si Avogadro. Contiene todas las estructuras
could you explain how to install xtb for win11? I tried to copy the xtb.exe and rename it otool_xtb.exe, also add the xtb bin folder to the path environment but the calculation are still aborded
@@kimist42 unfortunately I don't know. I run everything in Linux. I'm not sure that it works in windows, but in any case you have to configure a couple things more. It's better to ask the XTB developers about that.
@@patrickdedetemo472 probably yes. You can calculate a small cluster of atoms or molecules representing your solid or liquid, your isolated molecule and the same cluster plus that molecule absorbed. How realistic the number will be will depend on how large the section of material is, and the type of interaction. The stronger the interaction the more accurate the estimation will be.
Thanks Nico !
Hola, muy buen aporte. Qué visualizador usas en el video para cargar las estructuras de salida de Orca ?
@@MaríaMartinaVegaGarcía uso Chemcraft. Me gusta más que Avogadro.
También podrías usar ChimeraX, es gratuita y visualmente es muy buena, con esa puedes ver los modos normales y orbitales moleculares
hola nico, muy buen canal! una consulta, esto lo pudiste correr en windows no? sabes si se puede emplear otro metodo? el GOAT promete! abrazo
lo corrí en Linux, porque uso un clúster HPC para todos mis cálculos. hace un tiempo tenía una versión de Windows para probar en mí máquina pero últimamente hago todo directo en el clúster. a qué otro método te referis? GOAT puede usar cualquier método, pero se vuelve más lento.
¡Excelente video! Solo tengo una duda, el archivo que debo abrir para poder visualizar la lista de geometrías en Avogadro es el .out? Solo me aparece la estructura de menor energía. Puedo ver la lista de confórmeros y sus energías en el ".out" pero no he podidos ver en algún programa esas estructuras
Hay varios archivos de salida. Uno tiene una terminación finalensemble y creo que es .xyz ese se puede abrir con Chemcraft y no se si Avogadro. Contiene todas las estructuras
@@niconeuman Muchas gracias, los voy a revisar :D
could you explain how to install xtb for win11? I tried to copy the xtb.exe and rename it otool_xtb.exe, also add the xtb bin folder to the path environment but the calculation are still aborded
@@kimist42 unfortunately I don't know. I run everything in Linux. I'm not sure that it works in windows, but in any case you have to configure a couple things more. It's better to ask the XTB developers about that.
Were you able to solve your problem? Did you paste "otool_xtb" in same folder that orca?
@@danielbahena3866 Yes, it was working fine! Goat was not really what I was looking for 😅
Is there a way to calculate the absorption energy using ORCA>??
@@patrickdedetemo472 probably yes. You can calculate a small cluster of atoms or molecules representing your solid or liquid, your isolated molecule and the same cluster plus that molecule absorbed. How realistic the number will be will depend on how large the section of material is, and the type of interaction. The stronger the interaction the more accurate the estimation will be.