1992年，柔佛州新山成立國際佛光會南馬分會，1994年成立新山禪淨中心。不久，新山丹斯里拿督郭鶴堯老居士將國光二小旁五英畝土地獻予佛光山，並由滿可法師、郭鶴堯、丁順財、沈永安、湯學爾等成立佛光基金會，規劃未來弘法藍圖。

經過多年變更地目、申請手續等過程，2008年六月，禮請星雲大師主持灑淨奠基典禮；2014年獲得政府正式批文並於五月十六日啟建。該建築由T.R.HAMZAH & YEANG楊經文工程設計師設計，KIM LUN新山建設工程公司承建，福建國珍藝術雕刻團隊鑴刻。整體建築以綠化節能概念規劃，設有大雄寶殿、教室、美術館、圖書館、音樂文化廳、會議室、禪堂、齋堂、宗史館及寮房等，發揮文化、教育、信仰、修持等功能。

2015年六月，這座毗鄰新加坡的道場，由大師命名並親題「佛光山新馬寺」，寓意有新山、有馬來西亞、有新加坡，新馬一家親、新馬兩地同心建設。2016年四月完成基本設施，佛光山常住特舉辦「萬緣水陸大法會」以感謝全球佛光人及有緣者的護持。

新馬寺由佛光山新馬總住持覺誠法師率眾，以制度領導、集體創作的精神，發揚佛光山宗風理念、實踐人間菩薩的行願，期許成為東南亞最大的佛教文化教育中心，為新世紀佛教發展寫下新頁。