Практическая биоинформатика
Практическая биоинформатика
  • Видео 170
  • Просмотров 129 652

Видео

Границы применимости AlphaFold // Иван Гущин, МФТИ
Просмотров 1137 часов назад
Иван Гущин, заведующий лабораторией структурного анализа и инжиниринга мембранных систем new.mipt.ru/science/labs/Laboratoriya-strukturnogo-analiza-i-inzhiniringa-membrannykh-sistem старший научный сотрудник центра исследований молекулярных механизмов МФТИ cmm-mipt.ru/
Молекулярная филогенетика (3): построение филогенетических деревьев в MEGA // Владислав Долгих
Просмотров 9321 день назад
Молекулярная филогенетика (3): построение филогенетических деревьев в MEGA // Владислав Долгих
Решение задач белковой инженерии в AlphaFold // Андрей Николаев
Просмотров 266Месяц назад
Андрей Николаев, аспирант МФТИ рассказывает о решении задач белковой инженерии с помощью AlphaFold Центр исследований молекулярных механизмов МФТИ cmm-mipt.ru/ Лаборатория структурного анализа и инжиниринга мембранных систем new.mipt.ru/science/labs/Laboratoriya-strukturnogo-analiza-i-inzhiniringa-membrannykh-sistem
Молекулярная филогенетика (2): методы построения филогенетических деревьев // Владислав Долгих
Просмотров 171Месяц назад
Молекулярная филогенетика (2): методы построения филогенетических деревьев // Владислав Долгих
Базы данных белковых структур, аналоги AlphaFold: ESM и Chai-1 // Егор Укладов
Просмотров 192Месяц назад
Егор Укладов, аспирант ФЕН НГУ, сотрудник ЦКП "СКИФ", преподаватель кафедры биологии СУНЦ НГУ рассказывает о базах данных белковых структур, аналоги AlphaFold: ESM и Chai-1
Прогнозирование третичной структуры белка в AlphaFold // Егор Мустаев
Просмотров 2662 месяца назад
Егор Мустаев (СКИФ) рассказывает о прогнозировании третичной структуры белка в AlphaFold: об онлайн сервисах и локальном запуске Полезные ссылки: - Uniprot - www.uniprot.org (www.uniprot.org/) - AlphaFold Server - alphafoldserver.com (alphafoldserver.com/) - ColabFold GitHub - github.com/sokrypton/ColabFold (github.com/sokrypton/ColabFold?tab=readme-ov-file) - AlphaFold 2 GitHub - github.com/go...
Молекулярная филогенетика (1): филогенетические деревья // Владислав Долгих
Просмотров 3192 месяца назад
Молекулярная филогенетика (1): филогенетические деревья // Владислав Долгих
Использование AlphaFold для предсказания трехмерной структуры М2 вируса гриппа // София Борисевич
Просмотров 3082 месяца назад
Лекция Софии Борисевич (с. н. с. лаборатории химической физики Уфимского института химии) об использовании инструмента AlphaFold для предсказания трехмерной структуры полноразмерного М2 вируса гриппа
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биоинформатике (магистры)
Просмотров 4027 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биоинформатике (магистры)
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биоинформатике (бакалавры)
Просмотров 2277 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биоинформатике (бакалавры)
Statistics 6 - Непараметрические тесты. Тест Манна-Уитни и Вилкоксона
Просмотров 2457 месяцев назад
Разберем особенности непараметрических тестов, их плюсы и минусы
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по молекулярной биологии (магистры)
Просмотров 1207 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по молекулярной биологии (магистры)
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по молекулярной биологии (бакалавры)
Просмотров 1017 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по молекулярной биологии (бакалавры)
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биохимии (бакалавры)
Просмотров 1047 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биохимии (бакалавры)
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биохимии (магистры)
Просмотров 647 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по биохимии (магистры)
Statistics 5 - ограничения теста Стьюдента. Тест Велча
Просмотров 1317 месяцев назад
Statistics 5 - ограничения теста Стьюдента. Тест Велча
Statistics 4 - виды теста Стьюдента. Почему используется двусторонний тест
Просмотров 1647 месяцев назад
Statistics 4 - виды теста Стьюдента. Почему используется двусторонний тест
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по ПЦР и RNAseq (магистры)
Просмотров 1097 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по ПЦР и RNAseq (магистры)
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по ПЦР и RNAseq (бакалавры)
Просмотров 1697 месяцев назад
Биоинженерия и биоинформатика: разбор задачи финала 2024 по ПЦР и RNAseq (бакалавры)
Statistics 3 - алгоритм статистического вывода на примере теста Стьюдента. Что такое p-value
Просмотров 2827 месяцев назад
Statistics 3 - алгоритм статистического вывода на примере теста Стьюдента. Что такое p-value
Statistics 2 - статистика вывода. Распределения в статистике
Просмотров 2488 месяцев назад
Statistics 2 - статистика вывода. Распределения в статистике
Statistics 1 - введение в статистику. Описательные статистики
Просмотров 7979 месяцев назад
Statistics 1 - введение в статистику. Описательные статистики
NF11. Как использовать директивы процессов Nextflow
Просмотров 6810 месяцев назад
NF11. Как использовать директивы процессов Nextflow
NF10. Как соединять процессы в Nextflow при помощи каналов
Просмотров 5710 месяцев назад
NF10. Как соединять процессы в Nextflow при помощи каналов
NF9. Раздел Output процессов Nextflow
Просмотров 6110 месяцев назад
NF9. Раздел Output процессов Nextflow
NF8. Раздел input в процессе Nextflow
Просмотров 7310 месяцев назад
NF8. Раздел input в процессе Nextflow
NF7. Как устроены процессы в Nextflow
Просмотров 7210 месяцев назад
NF7. Как устроены процессы в Nextflow
NF6. Методы для работы с каналами в Nextflow
Просмотров 12710 месяцев назад
NF6. Методы для работы с каналами в Nextflow
NF5. Как устроены каналы в Nextflow, как создавать каналы
Просмотров 12010 месяцев назад
NF5. Как устроены каналы в Nextflow, как создавать каналы

Комментарии

  • @tanyastepa9750
    @tanyastepa9750 3 дня назад

    Наука для здоровья. Слушайте, думайте и будете здоровы.

  • @СалдаевИлья
    @СалдаевИлья 9 дней назад

    Спасибо, все очень понятно

  • @AivanF
    @AivanF 29 дней назад

    Классный метод!

  • @user-pf6to1np3t
    @user-pf6to1np3t 29 дней назад

    у меня не получается сделать плазмиду как у вас показано и не знаю какой участок вообще брать чтоб встваить в НСБИ

  • @user-pf6to1np3t
    @user-pf6to1np3t 29 дней назад

    вау спасибо вам огромное. но у меня не получается запустить ugene

  • @Dasha-st2pk
    @Dasha-st2pk Месяц назад

    Спасибочки за такие уроки ❤

  • @rusbiology3460
    @rusbiology3460 Месяц назад

    Фу мега Строит не так как надо

  • @PepenMan
    @PepenMan Месяц назад

    Мега (10 и 11) при построении дерева, в нескольких из режимов, не может в многопоточность процессора и зависает, а на одном ядре хоть и удачно завершает задачу, к сожалению слишком долго ее выполняет. По возможности, если есть фикс, приложите к видео про мегу. Будет ли что-то про программу "ugene"?

  • @AlinaTyukova
    @AlinaTyukova Месяц назад

    Добрый день! Подскажите, что делать, если при проверке окружения (bcftools -help) выдается следующая ошибка: bcftools: error while loading shared libraries: libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

  • @Ксения-т5ц4х
    @Ксения-т5ц4х 2 месяца назад

    Спасибо 🥰

  • @jinsaw5129
    @jinsaw5129 2 месяца назад

    А разве экспрессия нокаутированного гена не должна отличаться в контроле от мутантов?

  • @Кристина-ь5е4т
    @Кристина-ь5е4т 2 месяца назад

    Спасибо, ваш канал настоящая находка!

  • @ПетрЖитников-н9в
    @ПетрЖитников-н9в 3 месяца назад

    Не проходит "Команда для установки расширений Jupyter" → ответ анаконды ниже: No such file or directory [end of output] note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip. ERROR: Failed building wheel for jupyter_contrib_nbextensions Running setup.py clean for jupyter_contrib_nbextensions Failed to build jupyter_contrib_nbextensions ERROR: Could not build wheels for jupyter_contrib_nbextensions, which is required to install pyproject.toml-based projects

  • @maksimkolosov5076
    @maksimkolosov5076 3 месяца назад

    Спасибо, понятно объяснили, только код мелким шрифтом - плохо видно

  • @vladislavious
    @vladislavious 3 месяца назад

    Никакой вкладки с расширениями, увы, не появилось.

  • @lemoncoxych
    @lemoncoxych 3 месяца назад

    ура ура

  • @МарияМир-т6э
    @МарияМир-т6э 6 месяцев назад

    спасибо большое!!!!

  • @ольгадемкина-я4я
    @ольгадемкина-я4я 6 месяцев назад

    Огонь, спасибо!

  • @antanariva
    @antanariva 7 месяцев назад

    Все самое главное объяснил за 2,5 минуты! Супер. Спасибо!

  • @ivan25257
    @ivan25257 7 месяцев назад

    Парень, спасибо большое!!! Искал как сменить директорию в юпитере, а нашел кучу полезностей)

  • @miramak2206
    @miramak2206 7 месяцев назад

    Спасибо за лекцию! Очень понятно и интересно!

  • @olegklimenko3328
    @olegklimenko3328 7 месяцев назад

    Самая суть. Даже далекий поймет. Только почему так мало коментов?

  • @olegklimenko3328
    @olegklimenko3328 7 месяцев назад

    очень доходчиво. молодчина.

  • @Alienisakova
    @Alienisakova 7 месяцев назад

    супер!!!!

  • @alekseymelnik4398
    @alekseymelnik4398 7 месяцев назад

    💪🔥

  • @mkforme
    @mkforme 7 месяцев назад

    Спасибо, помогло

  • @АллаКлевер
    @АллаКлевер 8 месяцев назад

    как создать окружение в заданном месте?

  • @АллаКлевер
    @АллаКлевер 8 месяцев назад

    4:30 нет - он ругнётся "сделай в начале conda init" - а потом ничего не даёт делать

  • @rrrrrrrrrrar
    @rrrrrrrrrrar 8 месяцев назад

    Спасибо!

  • @АлинаСуфьянова-ф6п
    @АлинаСуфьянова-ф6п 8 месяцев назад

    Скажите пожалуйста, а почему Вы не переводите 150 мл в 150 000 мкл, когда делите на 10 000х раствор? Ведь ответ записан как 15 мкл 😢

  • @СнежанаАлпатова
    @СнежанаАлпатова 9 месяцев назад

    Огромное спасибо за объяснения!

  • @moramariam
    @moramariam 9 месяцев назад

    Большое спасибо за труд! Очень полезное видео.❤

  • @СергейЗинчук-и7у
    @СергейЗинчук-и7у 9 месяцев назад

    А зачем считать инсерции и т.д. Score всегда равно числу в правом нижнем квадрате. (редакционное расстояние)

  • @mysyndromes
    @mysyndromes 9 месяцев назад

    хочу пересадку небольшой части вашего мозга, что бы хоть отдалённо быть умнее

  • @vladimirsolovyev2826
    @vladimirsolovyev2826 9 месяцев назад

    Лена, ты прекрасна ❤

  • @AlenaNaumenko-zo9un
    @AlenaNaumenko-zo9un 9 месяцев назад

    А почему объем Т4 в итоге 1 мкл? 😖

  • @MittyRoller
    @MittyRoller 9 месяцев назад

    Здравствуйте, я хочу узнать у вас есть телеграм канал для того, чтобы задать вам вопрос . проблема заключается с генетикой и экологией.

    • @MittyRoller
      @MittyRoller 9 месяцев назад

      Хотелось применить конду для защиты курсовой по экологии и генетики *

  • @Efremova_Ecaterina
    @Efremova_Ecaterina 9 месяцев назад

    Car t на Т-клеточный лейкоз работает?

  • @baglaevsv
    @baglaevsv 10 месяцев назад

    Добрый день! Ген под номером 55515 отвечает за боль. Как просто найти другие номера отвечающие за простые функции? И с помощью какой программы можно просматривать гены? Спасибо!

  • @sickness7361
    @sickness7361 10 месяцев назад

    Спасибо! Вы просто спасли меня перед коллоквиумом по биологии ❤

  • @dvdandelion
    @dvdandelion 10 месяцев назад

    Спасибо!!

  • @alex146
    @alex146 11 месяцев назад

    С одной стороны, понятна цель видео - вступление, подводка к циклу. С другой - все тезисы очень слабые и спорные, а в конце кривая snakemake и вовсе выше nextflow, хотя в видео говорится, что nextflow шире используется. А типа snakemake не для биоинформатиков разрабатывается.

  • @knowverse_edu
    @knowverse_edu 11 месяцев назад

    Большое спасибо 🙏

  • @АнастасияЛещёва-л1р
    @АнастасияЛещёва-л1р 11 месяцев назад

    Спасибо вам большое за цикл лекций

  • @СергейНикитин-щ7ю
    @СергейНикитин-щ7ю 11 месяцев назад

    Спасибо

  • @reasonforsmth8727
    @reasonforsmth8727 11 месяцев назад

    Благодарю, всё сработало

  • @galina7439
    @galina7439 11 месяцев назад

    Из всего спича я поняла только словосочетание «и так далее»🧐. Больше всего удивило , что он это не читает по бумажке, а то , что он говорит - это у него в голове 🤨

  • @makseo651
    @makseo651 11 месяцев назад

    Для лучшего восприятия ваших уроков вам лучше использовать пичарм (или что-то подобное), чтобы не отвлекала лишняя разметка, а так же нужно увеличить размер щрифта. Вас то смотрят новеки.