Святой Исаак занимался традиционной для монахов-подвижников аскетической практикой, проводя жизнь в трудах, молитве, бдениях и посте. Существует предание, что он совершенно не прикасался к вареной пище, съедал три хлебца в неделю, дополняя это скудное питание лишь небольшим количеством травы.
Живя жизнью пустынника, большое внимание святой уделял чтению и исследованию Священного Писания. Вместе с тем занимался писательской деятельностью. Согласно преданию, в результате напряженного чтения, и, конечно же, вследствие сильнейшего измождения аскетическими подвигами, он утратил зрение. Но и после сего не прекратил заниматься литературным трудом: в этот период его речи записывали монахи-писцы.