臺海兩岸關係複雜獨特，1990年代雙方沒有官方接觸，政府公權力無法直接處理，但兩岸交流所衍生的事務性問題，必須透過中介角色，由政府委託指定的民間機構執行公權力。

　　1991年3月由政府及部分民間人士共同捐助成立「財團法人海峽交流基金會」（簡稱海基會），推選辜振甫先生擔任首任董事長；同年12月中國大陸也成立相似性質的「海峽兩岸關係協會」（簡稱海協會），由汪道涵先生擔任首任會長。隔絕近半世紀的兩岸關係，自此進入新階段。

　　海基會是目前政府唯一依據《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》（簡稱兩岸關係條例）第4條「行政院得設立或指定機構，處理臺灣地區人民與大陸地區人民往來有關之事務」成立運作的機構，以大陸委員會為主管機關，接受政府委託授權，與中國大陸針對涉及公權力行使的事宜進行聯繫協商。海基會成為政府大陸工作體系中，重要的一環。

　　在兩岸政府授權下，海基會與海協會從1991年開始，展開接觸與協商。1993年4月兩會最高負責人在新加坡舉行「辜汪會談」，並簽署四項協議，其後兩岸政府也透過此管道，進行多次談判，確立制度化協商機制。

　　隨著兩岸政治情勢的變化，海基會與海協會之間的聯繫與協商工作，時有波折。1995年6月，中國大陸片面宣布中斷兩會協商，往後在1998年10月恢復互動，隔年7月中國大陸再度中斷兩會聯繫溝通，其後數年之間，兩岸制度化協商形同停擺。海基會仍然依據政府委託，視民眾實際需要，持續與中國大陸有關機構及團體保持聯繫，為民眾提供必要協助與服務。

　　2024年6月由鄭文燦先生接任董事長。海基會秉持「促進兩岸和平穩定繁榮發展」的使命，繼續為推展兩岸交流合作、促進兩岸互惠雙贏而努力。