งานการศึกษาระดับหลังปริญญา นอกจากรับผิดชอบในการบริหารจัดการการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน แพทย์เฟลโลว์ของคณะฯแล้ว ยังรับผิดชอบงานบัณฑิตศึกษา (ป.บัณฑิตชั้นสูงทางวิทยาศาสตร์การแพทย์คลินิก , วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต, ปรัชญาดุษฎีบัณฑิต) ร่วมกับบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดลและการจัดการศึกษาต่อเนื่องทางวิชาการสำหรับแพทย์ ( Continuing Medical Education CME)ด้วย และหน่วยงานได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการประจำคณะฯเปลี่ยนชื่อเป็น “ งานการศึกษาระดับหลังปริญญา" ( Post - Graduate Education)เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2553