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Epidemio Fora da Curva
Бразилия
Добавлен 17 янв 2020
Esse é um canal dedicado a tutoriais de Análise e Visualização de dados utilizando o ambiente de programação R. O conteúdo é direcionado principalmente para análises voltadas para a Fitopatologia/Epidemiologia.
Como modificar Título, Subtítulo, Títulos dos eixos e Títulos de legenda com ggplot2
Aprenda a inserir Titulo, Subtítulos, e renomear Títulos dos eixos e Títulos de legenda nos graficos ggplot2.
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Como salvar gráficos ggplot no R: ggsave
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Aprenda como salvar gráficos ggplot no R usando a função ggsave. Defina o formato do arquivo, resolução da imagem (dpi) e as dimensões da figura. Dúvidas e sugestões nos comentários. Apoie o canal com uma doação ❖Pix: kai-quealves@hotmail.com
Como calcular a AACPD no R
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Nesse video você aprende a como calcular a famosa área abaixo da curva de progresso da doença ou AACPD utilizando o R. Link site epifitter: bit.ly/36E8DdA Duvidas e sugestões nos comentários
Como fazer mapas no R com ggplot2
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Vídeo sobre como fazer mapas no R usando o ggplot2. Dúvidas e sugestões nos comentários. Código para instalar o pacote 'rnaturalearthhires': devtools::install_github("AndySouth/rnaturalearthhires"). Material sugerido: bit.ly/2Gaq3nh
Como calcular EC50 no R
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Nesse vídeo eu apresento um guia completo sobre como estimar a EC50 de fungicidas no R. Para instalar o pacote ec50estimator use o seguinte comando: install.packages("ec50estimator") Link do site do pacote: alvesks.github.io/ec50estimator/ Link do post no meu site: kaiquealves.netlify.app/docs/blog/posts/ec50.html
Boxplots no R com ggplot2
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Aprenda como fazer boxplots no R usando o pacote ggplot2. Link dos dados: osf.io/7d3ch/ Dúvidas e sugestões nos comentários Apoie o canal com uma doação ❖Pix: kai-quealves@hotmail.com
Correlações no R: severidade e produtividade da Soja
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Nesse vídeo eu mostro como fazer correlações no R usando como exemplo a relação severidade e produtividade da soja. No final eu também mostro um pouco como montar um regressão linear simples. Link repositório de dados: osf.io/7d3ch/ Dúvidas e sugestões nos comentários.
Gráficos de linha com ggplot2 no R: geom_line
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Aprenda como fazer gráficos de linhas no R utilizando o pacote ggplot2. Duvidas e sugestões nos comentários.
ggplot2: estrutura básica e gráficos de pontos
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Aprenda como criar gráficos usando o pacote ggplot2. Nesse vídeo eu mostro a estrutura básica, como fazer gráficos de pontos e customização. Duvidas e sugestões nos comentários.
Como carregar meus dados no R (.txt, CSV, MS Excel e Planilhas Google)
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Aprenda como carregar/importar dados .txt, CSV, MS Excel e Planilhas Google utilizando o R. link código: alvesks.netlify.com/post/carregar_dados/carregar_dados/
Como Organizar Dados em Planilhas
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Aprenda como organizar seus dados em planilhas eletrônicas.
Trabalhando em R Markdown
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Aprenda como usar o R Markdown no RStudio Use o R Markdown para criar relatório para sua análise de dados. Site R markdown: rmarkdown.rstudio.com/ Apoie o canal com uma doação ❖Pix: kai-quealves@hotmail.com
Como criar um projeto no RStudio
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Nesse vídeo eu explico o passo a passo de como criar um projeto no RStudio. Assim você vai poder manter sua análise dados organizada em uma pasta pré-definida onde deverá estar seu banco de dados local e onde poderá salvar os resultados de suas análises como figuras e relatórios.
Baixar e instalar o R e RStudio
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Links Download R: cran.r-project.org/bin/windows/base/ Download RStudio: rstudio.com/products/rstudio/download/
Seja Bem Vindo(a) ao Epidemio Fora da Curva
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Conheça também Twitter: @AlvesKS_ GitHub: github.com/Epidemio-Fora-da-Curva
Parabéns pelo conteúdo meu amigo, estou encontrando dificuldade em plotar uma série de coordenadas em um mapa de um estado. Elas estão em graus decimais e converto para o formato usado no vídeo. No entanto a latitude vai certa mas a longitude sai defasado cerca de 40º, ja aconteceu isso contigo?
E se eu desejasse selecionar não um estado, mas uma cidade específica? Como fazer?
não consegui instalar o devtools. Teria alguma conselho ?
muito top, só não conseguir botar os pontos, das cidades
O MEU SÓ FICA AS MEDIANAS, NÃO APARECE A CAIXA, SABE O QUE PODE SER?
Não consigo gerar esta dando o seguinte ero:Error in `fortify()`: ! `data` must be a <data.frame>, or an object coercible by `fortify()`, or a valid <data.frame>-like object coercible by `as.data.frame()`, not a <uneval> object. ℹ Did you accidentally pass `aes()` to the `data` argument? Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred
Buenos días! Siento mucho molestar con mis dudas. Soy estudiante de biología y necesito calcular la R^2 del modelo. Habría alguna forma de obtener el valor de R^2 con R studio? Sé que en Regresión Lineal Simple es posible a partir del Residual Standard Error, pero no estoy segura si en este tipo de regresión también. Muito obrigado :)
Kaique, sensacional esse seu vídeo. Extremamente útil esse pacote que você desenvolveu. Mas tive um problema ao tentar utilizar, e gostaria da sua ajuda para tentar resolver, pois não estou entendendo o que está acontecendo. Estou observando o efeito de 2 acaricidas em 2 populações diferentes de um ácaro. Eu entendo que o isolado (no seu caso) corresponde à população do ácaro (no meu caso), certo? Mas quando coloco essa informação em "isolate_col" aparece a seguinte mensagem: "Isolates = c('1', '2') did not produced ec50 estimates due to error during fitting procedure" data frame with 0 columns and 0 rows" Poderia me ajudar? Abraço
Super, Obrigada!
Eu queria fazer um mapa que mostrasse a quantidade de viveiros de eucalipto registrados no renasem dentro do espírito santo e que mostrasse ao mesmo tempo a localização das cidades em questão. Como faria? Alguém conseguiria ajudar de alguma forma?
O teu áudio é horrível.
Boa noite! Estou com algumas dificuldades de desenvolver o projeto no programa e realizar a aplicação, poderia me ajudar?
Olá, como fazer o mesmo processo mas usando o st para abrir os pontos em kml? Estou conseguindo fazer o mapa do estado com os pontos, mas não estou conseguindo fazer os pontos ficarem diferentes e possuírem uma legenda de cores
Não encontrei o comando agricolae
Muito grato!
Vídeo incrível, me ajudou bastante! Mas comino no final quando fiz o corte pra centralizar mais o estado o ponto referente a cidade sumiu... O código ficou assim: "ggplot()+ geom_sf(data = BRA) + geom_sf(data = PE, color = "black", fill = "white")+ geom_point(data = dat, aes(x = long, y = lat, color = city))+ theme_light()+ labs(x = "longitude", y = "latitude", color = "cidade")+ ylim(10, 6)+ xlim(42, 32)" Escolhi representar a cidade de Recife e até antes das duas últimas linhas o ponto estava aparecendo no mapa.
o meu apareceu o mesmo erro, como resolveu?
Excelente explicação. Parabéns! Mas eu queria fazer esse gráfico de pontos, com os limites geograficos de todos municipios do MG, como faço?
Perfeito!
Gracias me sirvió mucho
Tento reproduzir seu exemplo. Contudo, a lat e lon sempre aparecem como numérico e não como dbl e não dá certo. Uso a função as.double para converter de numérico para double, mas não converte
Massa professor, gostaria de saber como deixar as legendas em itálico?
muito bom, obrigado pela contribuição
Adorei o canal, muito bom encontrar material em R, é minha ferramenta preferida para trabalhar com dados.
Amei, era disso que precisava! Depois de 2 horas tentando plotar o grafico imitando o modelo de exemplo no ggplot cheat sheet!
Nossa, amei seu vídeo! Super didático, parabéns! Você ministra algum curso de mapas no R?
Olá!! Não consigo acessar seu site. Poderia deixar um contato ?
Excelente! Parabéns.
que video maravilhoso, o UNICO que eu realmente consegui seguir e fazer o mapa. MT MT obrigada
Olá estou fazendo análises com o drc e uma variável por exemplo viab2h funciona bem. Se uso por exemplo viab3h dá esse erro: Error in optim(startVec, opfct, hessian = TRUE, method = optMethod, control = list(maxit = maxIt, : non-finite finite-difference value [4] Error in drmOpt(opfct, opdfct1, startVecSc, optMethod, constrained, warnVal, : Convergence failed Funciona: drm(viab2 ~ doseivm, data = dados, fct = W2.4()) Dá o erro: drm(viab1 ~ doseivm, data = dados, fct = W2.4()) os dados viab1 e viab2 são do mesmo tipo, só diferença de 1 hora. Teoricamente não poderia acontecer isso. Saberia como solucionar este problema?
Alguma ideia de como eu faria uma sequencia de graficos com nomes sequenciados?,ja montei o for loop mas n consigo essa programação final
Obrigado pelo vídeo! Estou tendo um problema com minha legenda, pois no interior do icone de cada variavel (ex.: um gradrado + nome da variavel) contem uma letra "a" que nao consigo tirar e nao sei como ela apareceu la. Poderia ajudar?
MUITO legal!! Obrigada!
Obrigada pelo vídeo! Gostaria de saber como faço pra renomear as classes da legenda (no seu caso setosa, versicolor e virginica)… digamos que eu queira colocar em letra maiúscula ou mudar o nome…
é possível salvar em pixel?
Excelente vídeo. O meu aparece esse erro: BRA <- ne_states(country - 'Brazil',returnclass = 'sf') Error in ne_states(country - "Brazil", returnclass = "sf") : could not find function "ne_states" o que fazer?
Estou tentando plotar a partir de um csv mas o r não identifica a coluna de multipolygon como geometry pode ajudar?
Kaique grava mais vídeos sobre modelagem de epidemias de doenças
Por exemplo, eu tenho a região X com 5 cidades e uma região Y com 4 cidades, como eu deixo cores diferentes pra X e Y e não para cada cidade?
Muito bom mesmo. Sem estamos aprendendo algo novo.
Muito bom... Sou novo no R e estou ficando empolgado cada vez mais!!! Uma dúvida, vc inseriu manualmente os valores das coordenadas, é possível a inserção de pontos a partir de uma tabela?
Excelente primeira introdução. Obrigada
Muito bom! Obrigado!! Estou com dificuldades com a curva de 3 parâmetros, os pontos são plotados mas as curvas não :(
É possível acrescentar um rio no estado selecionado?
teria que ser um mapa com a capa hidrográfica
Nao consigo acessar o link. queria os scripts
Me desculpe. Eu estava no processo de atualização do website. O conteúdo foi atualizado e o link também!
Isso aí! Muito legal!
Estou precisando fazer um mapa com a região do oeste do Paraná, colocando as cidades, seu vídeo deve ajudar.
Bom dia, como faço para alterar a fonte e o tamanho da fonte de dentro do gráfico ?
Show! Parabéns!!
Olá parabéns pelo canal. Quando vou adicionar os pontos, aparece esse erro Error in `calc_limits_bbox()`: ! Scale limits cannot be mapped onto spatial coordinates in `coord_sf()`. Consider setting `lims_method = "geometry_bbox"` or `default_crs = NULL`. Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred. Tem alguma idéia do que pode estar acontecendo?
Aula muito lega! Mas eu tentar fazer aqui mas apareceu um aviso " BRA <- ne_states(country="Brasil", returnclass="sf") Error in ne_states(country = "Brasil", returnclass = "sf") : could not find function "ne_states". Tem alguns pacotes para garregar e rodar nele?
Acho que teu problema é que o Brasil tá com S, no pacote tá "Brazil", e em relação ao "ne_states" o meu tava dando erro tbm, aí rodei o library(rnaturalearth) novamente e deu certo. Espero que ajude!