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Explicación de lo que sucede dentro de las máquinas automatizadas ABI PRISM: Tomamos nuestro ADN previamente amplificado y le realizamos una PCR de secuenciación: En esta PCR usamos todos los componentes de la PCR convencional pero con la diferencia de que se usa 1 solo primer y además agregamos ddNTP marcados con fluorocromos, de un color diferente para cada base. Lo que hacen estos ddNTP es que, cuando se unen, detienen la elongación. De esta manera, en nuestro producto final obtenemos una mezcla de cadenas de distintas longitudes, dependiendo de en qué lugar aleatoriamente haya quedado el ddNTP. Posteriormente, este producto se hace correr en una electroforesis capilar (igualmente dentro de las maquinas automatizadas). En esta, los fragmentos de menor tamaño se mueven más rápido. Como resultado, el fragmento que aparece primero abajo, estaría compuesto por el primer y un ddNTP de color; el fragmento encima de este, estaría compuesto por el primer, un dNTP y un ddNTP de color; el siguiente, estaría compuesto por el primer, dos dNTP y un ddNTP de color; y así sucesivamente. Una vez los fragmentos estén separados por tamaño de menor a mayor, un laser emite una luz y excita a los fluorocromos de los ddNTP, de forma que con un detector, se genera un cromatograma en el cual se representa cada base con picos de intensidad de luz acorde al color del fluorocromos especifico de esa base.

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