El Doctorado en Ciencias Humanas y Sociales, de carácter inter y transdisciplinario, es ofrecido por el Centro de Estudios Sociales de la sede Bogotá y también por la Facultad de Ciencias Humanas y Económicas de la sede Medellín, aunque funcionan como dos programas independientes. Su modalidad es presencial y se sustenta en la amplia trayectoria de diferentes grupos de investigación, sus múltiples relaciones y convenios con pares e instituciones internacionales y sus nexos con las Maestría en Estudios Culturales, Maestría en Estudios Sociales de la Ciencia, Maestría en Estudios de Género y Maestría en Comunicación y Medios, entre otras.