Các ngành Toán học, Thống kê và Tin học cung cấp nhiều công cụ và khung làm việc được sử dụng trong các ngành khoa học tự nhiên. Ở Việt Nam, ba ngành này được xếp vào loại khoa học tự nhiên. Tuy nhiên, nhiều nước trên thế giới, đặc biệt là các nước nói tiếng Anh, không có quan điểm như vậy.
Thiên văn học, nghiên cứu về các thiên thể và hiện tượng bên ngoài bầu khí quyển Trái Đất, ví dụ sao, thiên hà, v.v..
Sinh học, nghiên cứu về sự sống.
Sinh thái học và Khoa học môi trường, nghiên cứu mối quan hệ tương hỗ giữa sự sống và môi trường.
Hóa học, nghiên cứu cấu tạo, các phản ứng hóa học, cấu trúc, và các tính chất của vật chất và các biến đổi lý hóa mà chúng trải qua.