Прошло 3 года после пробуждения инопланетян на тихоокеанском острове Лингшан из-за действий исследовательской команды "Международной Археологической Ассоциации" и последующих за этим событий, рассказанных в первой части Crysis. Экспансия пришельцев распространилась почти по всей Земле, в межпланетную войну вовлечены все страны мира, бои идут на земле и в воздухе, крупнейшие города разрушены, а мирное население вымирает от инопланетного вируса. По хорошей традиции высокобюджетных блокбастеров центром противостояния становиться американский город Нью-Йорк, военный силы США, корабли пришельцев, падающие с неба инопланетные зонды, враждебные ко всем наёмники могущественной и тайной корпорации...